José María Dagnino Pastore realizó sus estudios universitarios de grado en la Universidad Nacional de La Plata recibiéndose de contador público y licenciado en Economía en 1954. Luego realizó estudios de posgrado en Estados Unidos obteniendo un máster en Economía en la Universidad de California en 1961) y el doctorado (PhD) en Economía en la Universidad de Harvard en 1963.
Producido en 1966 el golpe de estado militar que impuso la dictadura militar autodenominada Revolución Argentina, liderada por el general Juan Carlos Onganía, Dagnino Pastore asumió como ministro de Economía de la Provincia de Buenos Aires, bajo la intervención militar del general Francisco Imaz. Luego fue designado director del Consejo Nacional de Desarrollo (CONADE), para asumir como ministro de Economía en 1969, durante el último año de gobierno de Juan Carlos Onganía.
En 1976 se asoció con Mario Brodersohn y Alieto Guadagni para fundar la consultora Econométrica.
Dagnino Pastore volvió a desempeñarse como ministro de Economía bajo el mando del presidente de facto Reynaldo Bignone, durante la dictadura autodenominada Proceso de Reorganización Nacional (1976-1983).
Como empresario ha desempeñado funciones ejecutivas en Loma Negra S. A. (desde 1987), Air Liquide, Pirelli (desde 1980) y el Banco Sudameris. Por este último banco fue involucrado en una causa judicial sospechado de haber provisto información engañosa a los ahorristas, durante la crisis financiera de 2001.
Presidió la Academia Nacional de Ciencias Económicas. Fue miembro directivo de la Fundación de Investigaciones Económicas Latinoamericanas (FIEL), del Consejo Argentino para las Relaciones Internacionales (CARI) y de Diálogo Interamericano, y fue presidente de la Fundación de la Bolsa de Comercio de Buenos Aires.
En 2005 la Facultad de Derecho de la Universidad de Buenos Aires lo excluyó de su plantilla docente debido a su "falta de idoneidad moral" debido a su desempeño de altos cargos políticos durante las dictaduras militares mencionadas.
En 2009, el Congreso de la Nación Argentina le quitó su jubilación de privilegio de 4590 pesos (1713 dólares) mensuales debido a su colaboración con la sangrienta dictadura cívico-militar argentina (1976-1983).
Ha escrito varios libros, entre ellos: