En la provincia hay tres zonas biogeográficas, con sus climas característicos. Todas ellas áridas o semiáridas, llamadas altoandina, puneña y monte, corresponden aproximadamente a las unidades geográficas de San Juan cordillera frontal, precordillera y sierras pampeanas, donde se distribuyen vegetales propios de cada lugar.

En las laderas escarpadas y las cumbres de la cordillera frontal crece vegetación de altura, con pastos duros y arbustos rastreros de tronco leñoso como el cuerno de cabra y la yareta, que son usados como combustible por la gente del lugar. El suelo es pedregoso y con muchas rocas sueltas entre las que crecen los pastos.

En los cerros, quebradas y altiplanicies de la precordillera se ubica una estepa desértica de altura llamada puna, muy similar a la de las provincias del noroeste. Los suelos son pedregosos o arenosos y, muchas veces, salinos.El clima es frío y seco, con muchas diferencias de temperatura entre el día y la noche. Las plantas que crecen aquí son resistentes a la sequía; se encuentran arbustos, como la tolilla, añagua, tramontana y chijua, pastos muy duros y cardones con fibras blancas que reflejan la luz del sol.

Esta región ocupa el centro y el este de la provincia, en las sierras pampeanas, y presenta mesetas, bolsones y quebradas. La vegetación principal es de estepa. Los arbustos más característicos son las jarillas, el monte negro, atamísque, brea y tintinaco, y arbolitos bajos y retorcidos como el chañar. También hay cactus y pastos de distintos tipos.