Las montañas modifican el movimiento de grandes masas de aire atmosférico que podrían aportar humedad. son los vientos provenientes del océano Atlántico y del Pacífico los que encuentran impedimentos para aportar precipitaciones, los primeros, por la gran distancia que los separa de la región; los segundos, porque encuentran en las montañas una barrera a su acción. Por ello, el clima sanjuanino es continental y desértico, muy riguroso.

El sol es muy fuerte y existe una marcada variación de temperaturas entre el día y la noche. Las estaciones más agradables son el otoño y la primavera. Los vientos del, sur soplan todo el año, en julio y agosto sopla el viento zonda, desde el oeste, proviene del pacífico y llega a Chile muy húmedo, en la cordillera descarga toda su humedad, entonces llega a san Juan cálido y seco. Las lluvias se producen en verano, cuando suelen presentarse tormentas muy fuertes. Las cifras anuales de precipitaciones pluviales son bajas