Como es de imaginar, la biodiversidad comprende también a la fauna sanjuanina, que se distribuye influenciada por el clima y la elevación.

Donde el clima es frío y seco, con nieve en los picos altos, los animales más comunes son roedores: cuis y tucutuco; también hay chinchillones, que están en peligro de extinción.

Al norte de la provincia, en la sierra de San Guillermo hay una reserva natural. La fauna más típica está compuesta por guanacos y vicuñas; también hay muchos roedores pequeños, reptiles y diferentes aves.

Los suelos son generalmente arenosos, con rocas y sales. En estas regiones habitan el puma y otros animales como el tucutuco, los cuises y ratones de campo, guanacos, zorros, zorrinos y algunos armadillos.