La renuncia

En junio de 1969 renunció el gabinete en pleno. El nuevo ministro de economía convocó a paritarias para descomprimir la presión laboral, pero las aguas siguieron revueltas. Conflictos gremiales, paros activos, y puebladas similares al Cordobazo se manifestaban en todo el país. También empezaban a surgir las guerrillas urbanas, como el ERP y Montoneros.9​ En una reunión con los altos mandos castrenses fue consultado por los plazos estimados para la concreción de su mandato y el general respondió: Es un proceso muy largo. No se puede reestructurar la sociedad en 10 o 20 años. Muchos hicieron cuentas rápidas y pensaron en 1990, pero Onganía fue más lejos diciendo: Si es preciso se debe modificar la constitución, se debía pensar en un período transcurrido entre la Revolución de Mayo y la sanción de la constitución Argentina, lo que es equivalentes a 43 años para 2013.  El secuestro y muerte del general Pedro Eugenio Aramburu por parte de la guerrilla Montoneros, que tuvo lugar el 29 de mayo de 1970, terminó de debilitar su gobierno y el 8 de junio los 3 comandantes depusieron al general. Debió renunciar de modo humillante al dejar su renuncia de forma personal en la sede del Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas.

La renuncia

Entre Junio de 1969 y Mayo de 1970 se produjeron una serie de acontecimientos y movilizaciones que tuvieron repercusión en toda la sociedad y que terminaron de debilitar la imagen de Onganìa.Algunos de estos acontecimientos fueron: El asesinato del sindicalista Agusto Vandor, cometido por una organización guerrillera de la izquierda peronista; la muerte de un dirigente del sindicalismo combativo como consecuencia de la represion policial en una manifestacion en la Capital Federal; el incendio de 15 supermercados de la cadena minimax, de propiedad de capitales estadounidenses, que se produjeron con motivo de la visita de Nelson Rockefeller (secretario del presidente norteamericano, Richard Nixon), cuya familia era la propietaria de la cadena; la clausura de los locales de la CGT de los argentinos y numerosos sindicatos y la orden de prision de Ongaro y otros dirigentes del sindicalismo combativo; el paso a retiro de 40 oficiales en actividad por considerarlos sospechos de ser izquierdistas; la liquidacion de la IAPI (instituto Argentino de Promocion del Intercambio), creado durante la primera presidencia de Peròn, que genero una huelga general por 24 horas en todo el pais. Pero sin duda el hecho decisivo que apresuro la caída de Onganìa fue el secuestro del General retirado y ex presidente Pedro Aramburu.

El 29 de Mayo 1970, la organización Montoneros secuestro al General Aramburu.Montoneros se informo que habia secuestrado a Aramburu para someterlo a juicio de un tribunal popular. Lo acusaban de ser uno de los principales responsables del golpe militar de 1955, de haber aprobado el fusilamiento y represión de peronistas.

El 1º de Junio el cadáver de Aramburu fue encontrado en las cercanias de la Capital Federal. Ese mismo día el gobierno impuso la pena capital para los casos de secuestro.

El 8 de Junio de 1970, la Junta de Comandantes dio a conocer del Gobierno de Onganìa.

Finalmente, esa noche, Onganìa presento su renuncia, y la Junta lo depuso inmediatamente.

La Junta de Comandantes en Jefe (integrada por el General Alejandro Lanusse, el almirante Pedro Gnavi y el brigadier Carlos Rey) asumió el poder y declaro su adhesión al régimen democrático y representativo basado en los partidos políticos.

La Junta designo como presidente al General Roberto Levingston. El nuevo presidente estaba subordinado a la Junta, y los asuntos y decisiones importantes debían ser tratados y aprobados por los comandantes.

Roberto Marcelo Levingston

Roberto Marcelo Levingston reemplazo al presidente de facto teniente general Juan Carlos Onganía el 8 de junio de 1970, las junta militar lo reemplazo por el malestar social agravado por la situación económica  y  tras el secuestro y posterior asesinato del teniente general Pedro Eugenio Aramburu por parte de la guerrilla Montoneros, que tuvo lugar el 29 de mayo de 1970, el gobierno de Onganía sufrió un desgaste terminal, ya que perdió el apoyo de los jefes militares.