La selva misionera es impenetrable en muchos lugares, y esa característica es la que ha permitido la supervivencia, en su espesura, de muchas especies animales que ya se han extinguido en otras partes de nuestro país. La abundante vegetación permite la existencia de animales herbívoros y éstos, a su vez, aseguran la presencia de los carnívoros. mamíferos, aves, reptiles, insectos se alimentan de los frutos del monte. Hay especies adaptadas a la vida en la superficie y otras que habitan en las copas de los árboles, sin casi bajar a nivel del suelo. A pesar de la existencia de tantas especies, los animales no se descubren a simple vista, porque la exuberancia y la densidad de la vegetación les permiten vivir resguardados en el follaje.

Acaso el más conocido, pero en peligro de extinción, es el yaguareté, uno de los félidos más hermosos y más corpulentos de América: el "tigre", para los misioneros. otros ejemplares de félidos son el puma, el yaguarundí, el ocelote, el gato irará, la ririca, el mbaracayá y otros carnívoros, como el aguará-guazú, también en extinción, y el hurón.

Entre los herbívoros se pueden observar antas, corzuelas, capaces, pecaríes, osos hormigueros y el caaguaré, que se alimenta de abejas y panales. Hay, además, roedores como el agutí, la paca, y algunos de hábitos arborícolas, como la comadreja, el coatí, y dos clases de monos: el carayá y el caí. cerca de los cursos de agua viven nutrias, carpinchos, lobitos de río y más de 40 especies de aves multicolores, y mariposas de diferentes tamaños y formas. También hay serpientes sumamente peligrosas, como la cascabel y la yarará.