El modelo de gobierno que Onganía pretendió imponer fue similar al establecido en Brasil en 1964, es decir, una autocracia modernizadora que cambiase la sociedad desde arriba con o sin el respaldo popular. El régimen presentaba otra variante del pensamiento corporativista pero en este caso se postulaba un poder estatal del que estaban explícitamente excluidos los grupos de intereses. Fueron prohibidos los partidos políticos y la actividad sindical; se impuso una estricta censura y se persiguió a estudiantes, intelectuales y artistas.

Onganía declaró su intención de permanecer indefinidamente en el poder y proclamó que el programa de la "Revolución Argentina" restablecería la economía, reavivaría el crecimiento y luego distribuiría sus frutos para lograr la "paz social".

El "Estatuto de la Revolución Argentina" aprobado por los tres comandantes en jefe, creó un marco normativo que reemplazó a la Constitución Nacional.

Al comenzar su gobierno Onganía trató de superar la difícil situación económica. A fines de 1966 el ministro de esa área, Salimei, fue reemplazado por Adalbert Krieger Vasena, en el discurso de presentación del plan económico prometió "una gran transformación" que tendría como objetivos principales el crecimiento de la industria, el equilibrio del balance de pagos y la estabilidad de los precios.

El Estado usaría instrumentos monetarios, cambiarios, fiscales y controles de precios y salarios para alcanzar esas metas.

Para infundir confianza en los inversores extranjeros se dictó una ley que demostró que ya no habría más "nacionalismo petrolero".

Siguiendo el ejemplo de Francia, se devaluó la moneda el 40% y se recurrió a un préstamo stand by del FMI. Se recortó el gasto público para bajar el déficit del presupuesto que pasó del 40% de los últimos meses del gobierno radical al 14% en 1967.

Estas medidas y la confianza en la estabilidad del peso ayudaron a crear una corriente de capitales hacia el país que se vio reflejada en las reservas netas del Banco Central. Se redefinió la relación con los organismos financieros internacionales como el Banco Mundial, La Corporación Financiera Internacional y el Banco Interamericano de Desarrollo. Sus préstamos permitieron la realización de grandes obras como las de El Chocón, en Neuquén, proyecto que aliviaría la escasez de energía en la zona metropolitana.

El tema del factor trabajo era fundamental en este programa; se congelaron los salarios y si bien el salario real cayó en 1967, tuvo en 1968 y 1969 una notable recuperación. En cuanto los precios el gobierno no recurrió a los controles obligatorios sino que logró un acuerdo voluntario, según el cual los empresarios se comprometieron a absorber un 3% contra sus beneficios antes de trasladar el aumento de los costos a los precios.

En 1968 la inflación disminuyó y mejoró el Balance de Pagos. Hubo un incremento de las obras públicas, con repercusiones sobre el crecimiento industrial y la ocupación, a través de la puesta en marcha de proyectos como el Plan Nacional de Caminos.

Crecieron las importaciones de materias primas y de bienes intermedios, en especial repuestos para maquinarias, maderas, papel para diarios, aluminio, cobre y productos químicos.

La reducción de los aranceles de importación perjudicó a las pequeñas empresas asociadas en la CGE, pero no así a las grandes ligadas a la inversión extranjera. De aquel sector surgieron las críticas acerca de la "desnacionalización" de la industria y de las finanzas. En el sector agropecuario, algunos estaban conformes con la estabilidad económica pero otros reclamaban por el impuesto del 20% sobre las exportaciones, además del impuesto de emergencia sobre la tierra introducido a fines de 1968.

A pesar del crecimiento económico en mayo de 1969 el gobierno de facto enfrentó un movimiento obrero - estudiantil de grandes proporciones: el Cordobazo.

El Cordobazo produjo el alejamiento de Krieger Vasena. El nuevo ministro, José María Dagnino Pastore, trató de continuar la misma política sin éxito.

En ese año se extinguió el peso moneda nacional y fue reemplazado por el peso ley 18.188.

La agitación social y las protestas obligaron al gobierno a decretar aumento de los salarios.

Otros hechos de violencia contribuyeron a crear intranquilidad, en 1969 fue asesinado Augusto T. Vandor y en 1970 se secuestro y se dio muerte del Gral. Aramburu.

Los jefes militares exigieron compartir el poder. Onganía respondió destituyendo al Comandante en Jefe Alejandro Lanusse y éste obligó a Onganía a renunciar.

A fines de julio de 1966 Onganía decretó la intervención de las universidades nacionales, ordenando a la policía que usase la violencia para expulsar a estudiantes y profesores.

La destrucción alcanzó los laboratorios y bibliotecas de las altas casas de estudio y la adquisición más reciente y novedosa para la época, una computadora. Este hecho se conoció como "La Noche de los Bastones Largos".

A la intervención siguió el éxodo de profesores e investigadores y la supresión de los organismos sindicales estudiantiles.

Ante la disolución de sus organizaciones los reclamos legítimos de los estudiantes sólo lograban expresarse en forma violenta.

Cuando en marzo de 1969, en virtud del Plan Krieger Vasena que exaltaba la eficiencia del sector público, se efectuaron reducciones en las subvenciones del gobierno a las universidades, estalló una huelga estudiantil en Corrientes, se extendió a Rosario y en mayo a Córdoba.

En marzo de 1967 una huelga general declarada por la CGT fue violentamente sofocada por el gobierno. A partir de ese momento recrudecieron los conflictos internos en la central obrera.

Augusto T. Vandor, líder de la UOM (Unión Obrera Metalúrgica), encabezaba la fracción "participacionista" que estaba dispuesta a sellar un trato con el gobierno.

Otra fracción, los "ortodoxos" o Las 62 junto a Perón se negaban a ese juego político.

En 1968 apareció una tercera fracción liderada por Raimundo Ongaro, la CGT de los Argentinos, de tendencia combativa.

En 1969, cuando estalló el Cordobazo, se puso de manifiesto la peculiar relación de los obreros del automóvil con el movimiento obrero organizado. Casi todas las fábricas de automóviles se establecieron después de la caída de Perón y sus nuevos sindicatos (SITRAC, Sindicato de Trabajadores Concord, y SITRAM, Sindicato de Trabajadores Materfer) organizados en las dos fábricas de Fiat, no tenían tradición peronista. Estos sindicatos eran más pequeños, organizados por empresa, más democráticos e independientes. De esta manera eran capaces de actuar aunque el movimiento obrero en general estuviera paralizado.

En ese mismo año el asesinato de Vandor desbarató los proyectos de acercamiento al gobierno militar postergándolos hasta 1972.

A fines de mayo de 1969 la ciudad de Córdoba protagonizó un motín masivo, protagonizado principalmente por obreros de la industria automotriz y estudiantes universitarios. Estos dos grupos estaban muy relacionados, ya que muchos estudiantes trabajaban en turnos de noche en las fábricas y muchos obreros jóvenes eran estudiantes nocturnos.

El aumento de los impuestos, el cierre de algunas fábricas, el fracaso de la cosecha y la intención de las mayores firmas de automóviles - FIAT e IKA - RENAULT - de suprimir el "sábado inglés", bastaron para encender la mecha y poner en evidencia que la pregonada "paz social" de Onganía no era tal.

Los tumultos comenzaron cuando grupos de manifestantes declararon un paro activo y entraron al centro de la ciudad incendiando coches y autobuses. Amplios sectores de la población civil se unieron a los huelguistas y la ciudad se convirtió, durante 48 hs., en el escenario de batallas campales entre el pueblo y la policía.

En el Ejército la opinión acerca de estos hechos estaba dividida: Onganía y su grupo culpaban a la infiltración ideológica castrista y eran partidarios de una demostración de fuerza; otro grupo, encabezado por el comandante en jefe del Ejército, el Gral. A. A. Lanusse, preferiría hacer algunas concesiones.

Prevaleció esta última opinión y a los pocos días Onganía renovó su gabinete, incluido el ministro de economía.

En los meses posteriores al Cordobazo la violencia sacudió en varias ocasiones a la sociedad argentina: fue asesinado el dirigente "participacionista" Vandor; al día siguiente durante una visita de Nelson Rockefeller, enviado especial del gobierno de Nixon, varias bombas explotaron en una cadena de supermercados de Bs. As. donde la flia. Rockefeller tenía inversiones importantes; en setiembre la ciudad de Rosario protagonizó una repetición en menor escala del Cordobazo.

El Cordobazo hizo evidentes las fallas del Plan Krieger Vasena y los problemas políticos y sociales no resueltos por el gobierno militar. La falta de confianza de los inversores extranjeros en el nuevo ministro de economía provocó la huida de capitales. A esto se sumó, en 1970, la contracción en el comercio de carnes que provocó el colapso de industria frigorífica con la consiguiente ola de despidos. Onganía finalmente debió renunciar.

A mediados de la década de 1960 surgieron en Argentina grupos guerrilleros que actuaron en zonas rurales de Salta y Tucumán (Uturunco, 1960; Ejército Guerrillero del Pueblo, 1963; Grupo 17 de Octubre, 1968). El único que tuvo su base en las ciudades fue el Movimiento Nacional Revolucionario Tacuara, grupo de derecha organizado en 1964.

A fines de 1970 entraron en acción tres nuevos grupos peronistas: Montoneros, Fuerzas Armadas Peronistas (FAP) y las Fuerzas Armadas Revolucionarias (FAR). También se hizo conocer el ERP (Ejército Revolucionario del Pueblo), brazo armado del PRT (Partido Revolucionario de los Trabajadores).

En los dos años siguientes estos grupos llevaron a cabo acciones por separado, los peronistas principalmente en Bs. As. y el conurbano y el ERP en el interior, especialmente en Córdoba.

Secuestros, robos a bancos, asesinatos de oficiales de alto rango del Ejército o de la policía, secuestros de ejecutivos de multinacionales que eran obligadas a hacer repartos de caridad en las villas miserias, eran las acciones típicas de estos grupos.

En 1973 la guerrilla peronista se unió bajo la dirección de Montoneros liderada por Mario Firmenich, autor del secuestro y asesinato de Aramburu. Montoneros reconocía como influencia ideológica el pensamiento del intelectual peronista John William Cooke, quien a comienzos de los años '60 difundió una concepción del peronismo semejante al movimiento de Castro en Cuba. Así Montoneros asumió la lucha en dos frentes: contra el Ejército y contra los peronistas conciliadores o participacionistas.

Todos los grupos guerrilleros estaban compuestos en su mayoría por hombres y mujeres jóvenes, de poco más de 20 años, estudiantes o profesionales de clase media, muchos pertenecientes a opulentas familias tradicionales.

Paralelamente creció el contraterrorismo. A fines de 1970 surgieron los grupos clandestinos de derecha que realizaron secuestros de estudiantes y militantes sindicales peronistas e izquierdistas. La mayoría desapareció sin dejar rastros, otros denunciaron torturan.

En la segunda mitad del siglo XX la Iglesia experimentó cambios substanciales. Entre 1962 y 1965 se desarrolló el Concilio Vaticano II convocado por el Papa Juan XXIII. Las preocupaciones sociales, en especial la situación del denominado Tercer Mundo, ocuparon un nivel preferencial.

El llamado de atención a los países desarrollados, a la responsabilidad de éstos sobre el resto del mundo y el rol de la Iglesia en esos momentos se ratificó en marzo de 1967 en la Encíclica Populorum Progressio del Papa Paulo VI. En agosto de ese año se conoció también el Mensaje de 18 obispos del Tercer Mundo.

En Argentina, en la década del '60, eran pocos los sacerdotes que se interesaban por los problemas específicos de los sectores marginales. En 1965 el padre Carlos Mujica comenzó en la "Villa de Retiro". Su acción tenía dos objetivos: uno estrictamente religioso y el otro consistía en lograr organizar a la gente para trabajar por el bien común.

Cuando estalló el golpe militar de 1966 la jerarquía eclesiástica argentina respondió con su marcado conservadorismo; sin embargo cientos de sacerdotes y algunos obispos como Devoto, Jerónimo Podestá (Obispo de Avellaneda) y Monseñor Quarracino condenaron la Revolución Argentina por considerarla una dictadura militar antipopular.

El movimiento de sacerdotes identificados con los reclamos de sectores sociales postergados en el país y en América Latina fue creciendo paulatinamente. Entre el 1 y 2 de mayo de 1968 se realizó el Primer Encuentro Nacional en Córdoba del que participaron 21 sacerdotes. Las propuestas de este encuentro fueron llevadas ante la Conferencia del Episcopado Latinoamericano (CELAM) realizada en Medellín entre el 26 de agosto y el 4 de setiembre de 1968.

La radicalización ideológica vivida en esa época por la sociedad y dentro de la Iglesia llevó a algunos de aquellos sacerdotes a tomar las armas junto a grupos guerrilleros o a dejar los hábitos, en tanto otros cayeron víctimas de la violencia de grupos armados de derecha, como la triple A.