A principios de 1816, las milicias urbanas y rurales de Santa Fe se sublevaron, eligiendo gobernador a Mariano Vera el 31 de marzo. Álvarez Thomas lanzó en su contra una nueva invasión, pero el jefe de su vanguardia pactó con Vera y se retiró, causando la renuncia del Director Sustituto, que fue reemplazado por Antonio González Balcarce y poco después por Juan Martín de Pueyrredón. Éste exigió el sometimiento de Santa Fe; su propuesta fue rechazada, y las provincias del Litoral no estuvieron representadas en la Declaración de la Independencia de Argentina.

Pueyrredón lanzó una cuarta invasión sobre Santa Fe, que alcanzó a ocupar la ciudad durante 25 días antes de ser expulsada. Curiosamente, durante el año 1817 no hubo nuevas hostilidades.

En la Banda Oriental, Artigas pudo llevar adelante un gobierno progresista y democrático. Hizo profundas reformas sociales y repartió entre los pobres las tierras, el ganado y los bienes muebles de los emigrados.

Pero, a mediados de 1816, con la excusa de algunas correrías — reales o supuestas — de gauchos en el sur del Brasil, el rey de Portugal inició la invasión Luso-Brasileña a la Provincia Oriental. Pueyrredón no hizo nada por defender a la provincia invadida, y llegó a pactar con el jefe invasor. A mediados de 1817, los portugueses lograron capturar Montevideo; Artigas y sus fuerzas resistieron aún tres años más en el interior de la provincia, luchando decenas de combates.

En 1818 hubo nuevas ofensivas directoriales: la Segunda guerra entre el Directorio y Artigas en Entre Ríos constó de tres ofensivas desde el río Paraná sobre esa provincia, con apoyo de algunos caudillos menores. Pero el nuevo jefe de los federales de esa provincia, Francisco Ramírez, los venció con llamativa facilidad. No era el gobernador, sino el comandante de Concepción del Uruguay, subordinado de Artigas, pero controlaba la situación militar de Entre Ríos y organizaba sus montoneras en forma eficaz.
Por su parte, la provincia de Corrientes se vio sacudida por desavenencias entre los mismos federales, solucionadas por la ocupación de la capital por cacique guaraní Andrés Guazurary, ahijado de Artigas y el marino irlandés Pedro Campbell.

El gobernador santafesino Mariano Vera fue derrocado por los partidarios más exaltados de Artigas en julio de 1818. Como éstos no lograron formar un gobierno, el coronel Estanislao López, jefe de las milicias rurales, ocupó la ciudad el 23 de julio y se nombró a sí mismo gobernador. Más tarde sería electo por el cabildo y tendría un enorme apoyo popular.

En respuesta, Pueyrredón envió a finales de 1818 un ejército de 5.000 hombres al mando de Juan Ramón Balcarce.[8] Balcarce logró ocupar fugazmente la capital provincial, pero se vio obligado a retroceder, saqueando la provincia.

Simultáneamente avanzó la columna del Ejército del Norte comandada por el coronel Bustos para tomar entre dos fuegos a López, pero éste lo atacó en Fraile Muerto y lo dejó sin caballos. A continuación obligó a Balcarce a evacuar Rosario.

En venganza, Balcarce incendió Rosario.
Poco después, el general Viamonte intentaba una nueva invasión, pero López repitió su estrategia: atacó a Bustos en La Herradura y, como no logró vencerlo, lo obligó a retroceder avanzando hacia Córdoba.

Luego giró hacia el sur y se presentó frente a las fuerzas de Viamonte en Coronda, obligándolo a retirarse nuevamente a Rosario, donde ambos acordaron una tregua que duraría unos ocho meses.

En junio de 1819, el Congreso eligió como Director Supremo al general Rondeau. Éste pidió ayuda a los portugueses para combatir a los federales y ordenó a San Martín regresar con su ejército desde Chile para atacar Santa Fe, pero éste desobedeció abiertamente.

En cambio, el Ejército del Norte, comandado por Francisco Fernández de la Cruz, se dirigió hacia el sur. Pero el general Bustos dirigió el llamado motín de Arequito, por el que el Ejército del Norte se negó a continuar la guerra civil. A continuación regresó a Córdoba, donde el gobernador Castro fue reemplazado por José Javier Díaz. Poco después hubo elecciones, por las cuales fue electo gobernador Juan Bautista Bustos; parte del primer federalismo cordobés pasó a la oposición.

Antes de estos hechos, el 11 de noviembre de 1819, había sido derrocado el gobernador tucumano, reemplazado por el general Bernabé Aráoz. Casi simultáneamente con el motín de Arequito, estalló en San Juan una rebelión de las tropas del Ejército de los Andes, que inició un proceso de caos político que llevó a la disolución de la provincia de Cuyo.

A fines de enero, Francisco Ramírez y Estanislao López invadieron la provincia de Buenos Aires, derrotando a Rondeau en la Batalla de Cepeda. Ésta causó la disolución del Congreso y la renuncia de Rondeau.
En su lugar, fue electo gobernador de la provincia Manuel de Sarratea, que firmó con los líderes federales el Tratado del Pilar. Por éste, cada provincia asumía su soberanía en forma absoluta, dejaba de existir un gobierno nacional, y se llamaba a un congreso a reunirse en San Lorenzo para sancionar una constitución y formar un gobierno, naturalmente federal. Por una cláusula secreta se acordaba la entrega de armamento a los ejércitos federales.
Unos días antes de la batalla de Cepeda, el 29 de enero, Artigas había sido derrotado en la batalla de Tacuarembó y había evacuado la Banda Oriental hacia Corrientes. Por eso, Ramírez y López y no firmaron el Tratado como sus subordinados, sino como gobernadores autónomos.
Los generales Soler y Balcarce derrocaron a Sarratea, colocando al segundo como gobernador. Pero los caudillos federales lo forzaron a dimitir una semana después. López y Ramírez a sus provincias, y en su ausencia, se sucedieron como gobernadores Sarratea, Alvear y Ramos Mejía.

El 29 de septiembre de 1820, después de expulsar a Artigas, Ramírez había fundado la República de Entre Ríos. Indignado por haber sido dejado de lado por el Tratado de Benegas, Ramírez decidió invadir la provincia de Buenos Aires; Santa Fe era aliada de ésta, de modo que la invadió en primer lugar. Cruzó el río Paraná y se estacionó en Coronda, esperando allí que se le uniera el coronel Mansilla. Pero éste decidió traicionarlo para no atacar su provincia, y se retiró de vuelta a Entre Ríos.

De todos modos, Ramírez derrotó – dos veces en unos días – al coronel Gregorio Aráoz de Lamadrid, al servicio de Buenos Aires. López incorporó los restos de su fuerza a las santafesinas, con las cuales derrotó a Ramírez el 26 de mayo, obligándolo a huir con menos de 300 hombres hacia Córdoba.

Mientras tanto, Carrera había invadido Córdoba, derrotando al gobernador Bustos en Chaján. De allí pasó a San Luis, donde logró un rápido triunfo, pero retrocedió hacia el sur de Córdoba para unirse a Ramírez y al caudillo local Felipe Álvarez.

Atacaron a Bustos en Cruz Alta, pero no pudieron derrotarlo, de modo que se separaron: Ramírez intentaría volver a Entre Ríos por el Chaco y Carrera a Chile.

Sobre la costa del río Tercero, Ramírez se unió al general Carrera, y juntos atacaron al gobernador cordobés Bustos en Cruz Alta. Pero éste se había atrincherado eficazmente, y no pudieron sacarlo de su posición defensiva.

El entrerriano intentó pasar entre las fuerzas cordobesas y santafesinas que lo perseguían, pero fue derrotado el 10 de julio en la batalla de Río Seco, cerca de Villa de María y de San Francisco del Chañar, y ultimado en la huida. La cabeza de Ramírez fue llevada a López, que la hizo embalsamar para exhibirla en una jaula.

Por su parte, Carrera derrotó al general Bruno Morón en Río Cuarto e invadió San Luis. Después pasó a Mendoza, pero fue derrotado por el coronel José Albino Gutiérrez, en la batalla de Punta del Médano. Fue fusilado en Mendoza el 4 de septiembre de 1821, acompañado por Felipe Álvarez.

El gobernador delegado de Ramírez era su medio hermano Ricardo López Jordán (padre), pero fue derrocado por el coronel Mansilla el 23 de septiembre de 1821. López Jordán fue vencido un mes más tarde y obligado a expatriarse en Paysandú. La República fue dada por desaparecida.

El 22 de enero de 1823 se firmó el Tratado del Cuadrilátero entre Buenos Aires, Santa Fe, Entre Ríos y Corrientes, en el cual, por presión del ministro porteño Bernardino Rivadavia, se dejaba sin efecto el congreso federal de Córdoba, que ya estaba reunido.

El gobierno de Mansilla fue casi una intervención porteña en Entre Ríos; los partidarios de López Jordán hicieron un último intento de rebelión en Concepción del Uruguay en mayo de 1822, pero fueron derrotados.

Desde entonces, si bien Entre Ríos no obtuvo estabilidad política, al menos se mantuvo en paz por varios años, tanto a lo largo del gobierno de Mansilla, como durante el de su sucesor, Juan León Solas.

También Corrientes se separó de la fenecida República de Entre Ríos, y se mantuvo en paz durante los gobiernos de Juan José Fernández Blanco y Pedro Ferré.

La provincia de Santa Fe, la más castigada por la guerra civil hasta entonces, pudo disfrutar de una década de paz.

La revolución iniciada en San Juan por Mendizábal había desembocado en un absoluto caos. El Batallón de Cazadores marchó hacia Mendoza, dirigido por el coronel Del Corro, pero fue derrotado por una avanzada dirigida por el general Rudecindo Alvarado.

De todos modos, esto causó la renuncia del gobernador Toribio de Luzuriaga. En San Luis, el cabildo depuso en forma pacífica a Vicente Dupuy, reemplazándolo por José Santos Ortiz, que gobernó casi toda esa década.

En La Rioja, al saberse de la disolución del Directorio, el 1ro de marzo de 1820 había asumido el gobierno el general Francisco Ortiz de Ocampo, que expulsó a los miembros de la familia Dávila.

Semanas más tarde, la provincia era invadida por Del Corro, que fue derrotado cerca de Patquía. El vencedor ocupó La Rioja, pero fue expulsado al poco tiempo por el comandante del Departamento de la Sierra de los Llanos, Facundo Quiroga, al frente de una división de 80 hombres.

Fue la primera victoria del famoso caudillo. La mayor parte de las tropas de Del Corro fue incorporada al ejército provincial riojano y participarían en las siguientes guerras civiles como "Auxiliares de los Andes". Todavía Del Corro logró reunir un pequeño grupo con el que pretendió cruzar la provincia de Tucumán, pero fue vencido por las fuerzas del gobernador Aráoz.

El coronel Nicolás Dávila asumió el gobierno riojano y gobernó en paz por dos años. Hacia el final de su gobierno se enfrentó con la legislatura, que llamó en su ayuda a Quiroga. Éste derrotó a Dávila en la batalla de El Puesto y fue electo gobernador. Renunciaría tres meses después, y desde entonces gobernó la provincia de hecho, desde el cargo de comandante de armas.

En Córdoba, una revolución contra Bustos, dirigida por el futuro general José María Paz fue vencida en una escaramuza. El mismo Paz parece haberla fracasar por su desprecio a las montoneras que participaban en ella.

Poco después de la revolución que lo había llevado al poder, Bernabé Aráoz proclamó la República de Tucumán, a la que dio una constitución. Pero ésta no fue aceptada en Santiago del Estero, cuyo cabildo llamó en su defensa al jefe de la frontera del Chaco, coronel Juan Felipe Ibarra, que fue electo gobernador el 31 de marzo y declaró formalmente la autonomía de la provincia. Aráoz protestó, discutió y lanzó amenazas, pero recién el 27 de abril del año siguiente — con ocho meses de atraso — envió una expedición a ocupar Santiago del Estero; ésta fue derrotada por Ibarra.

El caudillo santiagueño había ayudado a llegar hasta Salta al coronel Alejandro Heredia, al frente de algo menos de la mitad del Ejército del Norte, con lo que se ganó el apoyo de Güemes. Éste intentaba lanzar una nueva campaña al Alto Perú, para lo que contaba con sus gauchos y los hombres que había traído Heredia. Pero el gobernador tucumano se negó a entregarle las armas del Ejército del Norte tomadas en noviembre de 1819. En respuesta, Güemes atacó a Aráoz:

Fuerzas salteñas ocuparon Catamarca, mientras Heredia e Ibarra marcharon sobre Tucumán. En la batalla de Rincón de Marlopa, del 3 de abril de 1821, los tucumanos bajo el mando del coronel Abraham González derrotaron completamente a los salteños y santiagueños. En ese momento, Güemes se enteró de que había sido depuesto por una revolución de las clases altas en Salta. Regresó a su ciudad y retomó el gobierno sin problemas.

Aráoz logró recuperar también Catamarca; pero el 5 de junio, por medio del Tratado de Vinará, reconocía la autonomía de Santiago del Estero.

El 25 de febrero de 1821, también Catamarca declaró su autonomía. Tras un turbulento y breve gobierno de Nicolás Avellaneda y Tula, asumió el gobierno el líder federal Eusebio Gregorio Ruzo. Algunos de los jefes adictos a Avellaneda, como Manuel Gutiérrez, debieron pasar un tiempo en el exilio bajo la protección de Aráoz.

nos días después del Tratado de Vinará, la última invasión de los realistas lograba ocupar Salta y causar la muerte de Güemes, pero fueron expulsados unas semanas más tarde. Asumió el mando el partido que había sido oposito de Güemes, que nombró gobernador a José Antonio Fernández Cornejo.

El 22 de septiembre, los miembros de la “Patria Vieja” — es decir, el partido que siempre había sido leal a Güemes — derrocaron a Cornejo por medio de una sangrienta revolución. En su lugar colocaron al general José Ignacio Gorriti, que hizo un gobierno de unión: nombró al federal Pablo Latorre comandante de armas, y a Fernández Cornejo de teniente de gobernador de Jujuy. De todos modos tuvo que vencer una revolución en su contra en diciembre.

En Tucumán, Aráoz fue derrocado el 28 de agosto de 1821 por sus propios oficiales dirigidos por el general Abraham González, que asumió el gobierno con apoyo del cabildo. Logró mantenerse en el poder unos meses, pero fue derrocado por una violenta revolución el 8 de enero de 1822. En su lugar fue electo Javier López, líder de las milicias urbanas.

De allí en adelante, la provincia fue sacudida por una seguidilla de revoluciones, batallas y saqueos que llevaron alternativamente al gobierno a Bernabé Aráoz, a su primo Diego Aráoz, a Javier López y a Nicolás Laguna. Con el paso del tiempo se formaron dos partidos: el de López y el de Aráoz, cada uno decidido a vencer completamente al otro.

Tras un largo gobierno – casi un año – de Bernabé Aráoz, Javier López logró expulsarlo el 5 de agosto de 1823 hacia Salta, donde no tenía aliados. Allí siguió conspirando, pero fue arrestado y enviado a Tucumán por orden del gobernador Arenales. Fue fusilado en Trancas el 24 de marzo de 1824. Con esto quedó sellada en Tucumán la paz, que duraría casi dos años.

Como consecuencias de estas primeras y largas guerras civiles, que duraron casi diez años, se pueden mencionar:

• La caída del gobierno del Directorio.
• La autonomía de las provincias argentinas, que ya no dependerían de la de Buenos Aires.
• La igualación, al menos teórica, de los derechos de autogobierno de los pueblos de cada una de estas provincias.
• La autonomía nominal de la Provincia Oriental; ésta no podía ser aplicada, porque se encontraba invadida por Portugal. Cuando fuera nuevamente aplicada, por medio de la Guerra del Brasil y los tratados que le dieron fin, se convertiría en la Independencia absoluta de la República Oriental del Uruguay.
• El régimen federal de gobierno para toda la Argentina. Éste sería ignorado aún unos años por los unitarios, pero finalmente prevalecería.