En la cordillera patagónica, al sur de Pino Hachado, el clima favorece el desarrollo de masas boscosas en las laderas de las montañas, con gran variedad de coníferas. se conocen como bosques subantárticos o andino-patagónicos. Las variedades más conocidas son: lenga, ñire, ciprés y, en la zona más húmeda, roble, raulí, alerce y coihue. En esta región es posible encontrar, además, ejemplares de canelo, chapel, arrayán, avellano de Chile, colihue,, maqui y laurel. Por la belleza de sus flores, cabe mencionar algunas plantas, como aljaba, michay pichi, colliguay, quintral, amancay, notro, rosa mosqueta, pangue y la mutisia, cuya flor es el símbolo de la provincia.

Estepa patagónica

La vegetación de la estepa patagónica es abierta, de tipo xerófilo. Prevalecen los montes achaparrados y espinosos, que sobreviven a la sequía. La vegetación se levanta apenas del suelo, al que se aferra mediante raíces vigorosas y profundas que constituyen verdaderos tallos subterráneos. Los distintos tipos están representados por el coirón, neneo, pichi, chañar, piquillín, sampa y jarilla, que predominan en la estepa. mientras que los pastos tiernos, paico, pañil y arbustos, se encuentran en los cañadones y cajones cordilleranos. En algunos lugares muy húmedos y a orillas de los ríos crecen los mallines, y también bosques de sauce criollo, molle, chacay y manzanos aislados.

En el distrito del pehuén o "pehuenal" se encuentran las araucarias, llamadas "pehuén" por los mapuches. Estas especies vegetales llegan a medir hasta 45 metros de altura. Su madera se utiliza para terciados y sus semillas son un importante recurso alimentarlo para los indígenas de la región. Las araucarias se encuentran entre los 900 y 1.800 metros sobre el nivel del mar.