El clima de Neuquén es benigno, continental, frío y seco, con estación templada, a excepción del sudoeste, que es frío y húmedo. Se distinguen cuatro tipos climáticos bien diferenciados:

Abarca la zona de alta montaña, a lo largo de la cordillera de los Andes. Las temperaturas son bajas, con promedios de congelación durante casi todo el año. El clima es seco y las precipitaciones varían entre los 300 y 500 mm anuales.

Se localiza en el área cordillerana al sur de Pino Hachado, a causa de que la baja altitud de la cordillera, en este sector, permite la entrada de los vientos húmedos del Pacífico. se extiende hasta el lago Nahuel Huapi. Los veranos son frescos y los inviernos fríos, con fuertes nevadas y precipitaciones. En algunos puntos el nivel de lluvias alcanza registros superiores a los 4.800 mm anuales. La temperatura media anual es de 8º a 10º C

Comprende la parte norte y este de la provincia. Las precipitaciones son inferiores a los 150 mm anuales. Los veranos son cálidos, con temperaturas de hasta 40 C durante el día, con noches frescas. Los inviemos son firíos, registrándose valores absolutos mínimos de hasta 14 C bajo cero y una temperatura media invernal de s' bajo cero.