Dentro del Parque existen numerosos problemas de conservación que afectan directa o indirectamente al paisaje, la flora y la fauna nativas. En primer lugar la enorme y creciente afluencia turística ha motivado el deterioro del sector conocido como "Área Cataratas". La construcción del Hotel Internacional y la infraestructura de atención al visitante, los estacionamientos, los puestos de venta de todo tipo, sólo por mencionar algunos ejemplos, han generado la acumulación de basura, el pisoteo de la vegetación, el cambio de hábitos de especies animales silvestres y por supuesto un impacto visual negativo en el paisaje. La fauna ya no sufre la caza furtiva dentro de los límites del Parque debido al estricto control que realiza el cuerpo de Guardaparques. En cambio, la ruta nacional 101 que atraviesa al Parque por la mitad, de oeste a este, constituye un problema aún mayor para la fauna nativa. Miles de animales son atropellados todo los años en esta ruta . Reptiles, anfibios, pájaros y mamíferos de gran porte como Tapires, Osos Hormigueros y hasta Yaguaretés han sido encontrados muertos a todo lo largo de su recorrido. La extracción furtiva de Palmitos  se convirtió en una amenaza para las perseguidas poblaciones de esta palmera silvestre y ha ocasionado enfrentamientos armados entre los Guardaparques y los pobladores rurales implicados. El borde este del Parque sufre una constante presión por parte de las zonas limítrofes profundamente modificadas por las actividades humanas . Por ejemplo, las plantaciones de Coníferas llegan hasta el mismo borde del área protegida, afectando la continuidad de ambientes naturales necesaria para la subsistencia de la enorme biodiversidad que habita el Parque. La situación de aislamiento se agrava cada vez más, en proporción al avance constante del hombre sobre la Selva.

YACIMIENTOS ARQUEOLÓGICOS/PALEONTOLÓGICOS: No posee

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