Golpe de Palacio

El 10 de noviembre Lonardi aprobó un decreto preparado por Villada que desdoblaba las carteras de Interior y Justicia, dejando a Busso a cargo de la última y designando en Interior a De Pablo Pardo.

Lonardi pensaba que éste –un reconocido antiperonista que incluso había participado del complot para derrocar a Perón era una figura aceptable para la Marina pero cuando le llevaron el decreto a firmar a Teodoro Hartung, el Ministerio de Marina lo hizo a regañadientes y advirtió a Lonardi que se produciría un conflicto.

Los antecedentes nacionalistas de De Pablo Pardo así como publicaciones de ideología fascista que había hecho en la década de 1940, sumado a la circunstancia de que estaba reemplazando a un ministro con prestigio consolidado y amplio apoyo civil lo hacían inaceptable para la Marina y el sector liberal del gobierno.

Busso no aceptó la modificación, presentó su renuncia y Lonardi designó a en su lugar a Bernardo Velar de Irigoyen, a quien tomó juramento el 12 de noviembre.

La noche del 12 y 13 de Noviembre

En la noche entre el 12 y el 13 de noviembre hubo sucesivas reuniones del Presidente en la Residencia presidencial de Olivos de los tres ministros militares y de grupos de oficiales superiores de las tres armas, quienes solicitaron que se disolviera el Partido Peronista, se interviniera a la CGT, se creara una Junta Militar Revolucionaria que controlara los nombramientos y los pronunciamientos, y se removiera algunos funcionarios, punto éste que era, en realidad, secundario. Los jefes militares no deseaban el alejamiento de Lonardi y consideraban posible llegar a un acuerdo con éste.​

Lonardi solo aceptó el alejamiento de Luis María de Pablo Pardo y de Villada Achaval pero rechazó desprenderse del mayor Juan Guevara, su edecán, otro de los objetados, y tampoco aceptó compartir su poder con una Junta ni tomar las demás medidas de gobierno solicitadas.

A las 2.35 de la madrugada del 12 de noviembre, la casi totalidad de los miembros de la Junta Consultiva presentó su renuncia ante Rojas. Permanecieron en sus puestos los «lonardistas» Ariotti y Storni.

Apenas amaneció el 13 de noviembre, se presentaron en la residencia oficial los tres ministros militares: de Guerra, general Arturo Ossorio Arana, de Marina, almirante Hartung, y de Aeronaútica, brigadier Ramón Abrahim, quienes le manifestaron que había perdido la confianza de las Fuerzas Armadas por lo que le requerían su renuncia. 

 El hijo de Lonardi, Luis Eduardo, da en su libro Dios es justo detalló las últimas horas de su padre en el poder: 

"Ossorio Arana se adelantó y […] le dijo: Señor general, debo manifestarle, en nombre de las Fuerzas Armadas, que ha perdido su confianza y exigen su renuncia. Otorgan solo cinco minutos para presentarla. Vencido este plazo se adoptarán medidas de fuerza y habrá derramamiento de sangre. Alguien confirmó: Cuando salí ya estaban calentando los motores los Glosters" 

Entre otras amenazas estaba bombardear la Quinta de Olivos, y amenazaron con repetir en pequeña escala los bombardeos del 16 de junio, entre ellos estuvieron Ossorio Arana, el almirante Hartung, los generales D’Andrea, Huergo, Videla Balaguer y Dalton, los contraalmirantes Toranzo Calderón y Rial, y el secretario general de la Presidencia, coronel Boncarrere.

Los dos miembros de la Junta Consultiva que no habían renunciado la noche anterior fueron muy pronto separados de la misma. Luego de algunas consultas,
Un foco sedicioso para el derrocamiento de Lonardi estuvo ubicado en la Casa Militar, organismo que debía ocuparse de la seguridad del presidente, las audiencias y el protocolo, cuyo jefe era el coronel Bernardo Labayrú, el jefe del despacho de la Casa de Gobierno era el coronel Emilio Bonnecarrere y el jefe del regimiento de granaderos a Caballo, Alejandro Lanusse, todos los cuales tenían la obligación de defender al presidente sin embargo fueron miembros activos y determinantes de la conspiración.
Lonardi anunció que no presentaría su renuncia por escrito porque consideraba que lo estaban echando. No obstante ello aceptó finalmente no hacer declaraciones públicas sobre su alejamiento, que en la prensa fue explicado como consecuencia de sus problemas de salud

En medio de fuertes presiones cívico-militares debió huir acompañado por su mujer, Mercedes Villada Achával, a Nueva York. A las 17.45 del 29 de noviembre de 1955, partieron a bordo del Río Tunuyán, un moderno vapor de pasaje y carga hecho construir por el gobierno peronista en Italia. En la escala de Caracas, Lonardi se enteró de que su casa había sido allanada.

Eduardo Lonardi gobernó 52 días, hasta ser derrocado por el sector liberal de los golpistas. Además padecía un cáncer cuyos síntomas ya eran notables al comienzo del golpe y que finalizaría con su vida en marzo del año siguiente. Representaba una fracción de las fuerzas armadas, de orientación nacionalista católica, que tenía como objetivo derrocar a Perón y excluirlo de la vida nacional, así como impedir que el peronismo volviera al poder. Lonardi liberó de la cárcel a benjamín Menéndez y también liberó y nombró como Jefe de Granaderos a Agustín Lanusse que luego lo traicionaría..

Su lema fue «ni vencedores ni vencidos», tomada de Justo José de Urquiza, una de las frases políticas más famosas de la historia argentina.