En el Parque, el mayor problema de conservación está representado por las especies animales exóticas. El Castor  por ejemplo, aprovecha los cursos de agua (ríos y arroyos) para construir diques, los cuales forman un amplio espejo de agua que inunda los alrededores, ahogando así a las especies arbóreas nativas. Para realizar estos diques, se sirven de ramas y troncos que derriban ellos mismos con sus poderosos dientes incisivos. El permanente ramoneo de los Conejos, especialmente en la zona de Bahía Lapataia, ha motivado un grave retroceso de los vegetales nativos, que se ven obligadas a crecer en forma achaparrada. Asimismo, estos animales construyen sus cuevas sobre los yacimientos de conchillas de la costa, aprovechando su endeble consistencia, lo que ocasiona una destrucción a veces total e irreparable de tan valiosos testimonios culturales. La explotación forestal ilegal también está presente, especialmente en los sectores norteños del Parque, de difícil acceso para el control y vigilancia de los Guardaparques. La devastación de los bosques, junto a los incendios, causa graves procesos erosivos, que algunas veces se tornan irrecuperables debido a la acción del ganado que dificulta o impide la renovación natural del bosque.

YACIMIENTOS ARQUEOLÓGICOS/PALEONTOLÓGICOS: Este Parque es uno de los pocos que atesora riquísimos testimonios de los primeros grupos humanos habitantes de nuestra geografía. La Isla de Tierra del Fuego estaba ocupada, antes de la llegada del hombre blanco, por cuatro grupos indígenas: los Selk'nam u Onas, los Haush o Manek'enk y los Yámana o Yahganes. Estos últimos habitaban las islas, islotes y canales vecinos al Cabo de Hornos, así como las costas del Canal de Beagle. Allí más tarde se instalaría la ciudad de Ushuaia y, en la Bahía Lapataia  , el Parque Nacional Tierra del Fuego. Los Yámanas eran de hábitos nómades, los que les valió el apodo de "nómades del mar". Se movilizaban por los canales en frágiles pero rápidas canoas, construidas con grandes planchas de corteza de Guindo y varillas de madera, estando todo perfectamente unido y cosido con tendones de animales marinos. Dentro de las mismas siempre llevaban, sobre rocas, un fuego encendido. Remaban únicamente las mujeres, los niños permanecían en el centro y el hombre se situaba en la proa, esperando la aparición de los animales que cazaban. Usaban lanzas y arpones de punta de hueso, cuidadosamente trabajados. Tenían sus campamentos en las playas, donde instalaban precarias chozas de ramas y troncos de forma cupular. Luego de dos o tres días abandonaban el lugar en busca de otro sitio. Su alimento lo componían lobos y nutrias marinas, aves costeras, peces, algún delfín o ballena que varaba accidentalmente en las costas y en ocasiones cazaban los Guanacos que descendían a los valles en invierno. Pero su principalmente dieta eran los moluscos costeros, que aunque pocos nutritivos, eran una fuente de recursos casi inagotable y presente durante todo el año. Como evidencia de la gran cantidad que consumían, se encuentran los "conchales", que abundan en las costas de Bahía Lapataia, dentro del Parque Nacional. Estos notables montículos de conchas de mejillones, huesos y dientes de animales marinos, nos indican un sitio de campamento. También allí se encuentran elementos de uso cotidiano como arpones, plomadas, raspadores, cuentas etc.. Vivían los Yámanas casi desnudos, llevando solamente una capa corta de cuero de Lobo Marino, y a veces en invierno, se cubrían los pies con un simple calzado. Aunque no sufrieron persecuciones y matanzas, los Yámanas fueron exterminados por las enfermedades que les contagió el hombre blanco. La sífilis, el sarampión y la tuberculosis llevaron a que en 1884 quedaran solamente 1.000 Yámanas puros y en 1924 apenas 50. Los descendientes de esta cultura, la mayoría mestizos, sobreviven en la isla Navarino (Chile).

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