Perón asumió por segunda vez la Presidencia de la Nación sin la presencia, de su compañero de fórmula, Quijano, quien había fallecido. El cargo vacante fue ocupado, como resultado de nuevas elecciones, en abril de 1954 por el Almirante Alberto Tessaire.

En lo económico esta etapa de crisis e inflación contrastó con la de los primeros tiempos y lo llevó al Presidente a revisar más de un tema de su política de gobierno.

A partir de 1953 se dio un acercamiento entre los EE.UU. y la Argentina, se alentó la incorporación a la economía nacional de capitales extranjeros.

Logró una serie de importantes acuerdos económicos con Chile, Ecuador, Paraguay, Bolivia, Nicaragua y finalmente con Brasil, la Unión Económica. Estos acuerdos estipularon la reducción de las barreras aduaneras, liberación de impuestos de ciertos productos y la apertura de una línea de crédito entre los países firmantes.

Fue sancionada una Ley de Inversiones Extranjeras, duramente cuestionada por la oposición, que tuvo como objetivo alentar la participación del capital privado en áreas claves de la economía, como la energética.

El ritmo inflacionario se desaceleró notablemente desde la última parte del año ' 52 y se produjo un crecimiento de las exportaciones agropecuarias en 1953.

Los puntos vulnerables de su gobierno siguieron siendo la oposición y ciertos temas puntuales, como el caso Duarte.

En abril de 1953, Juan Duarte, hermano de Eva, renunció a su cargo de Secretario Privado de Perón (función que desempeñó desde la primera presidencia). En esos momentos preocupaba el desmesurado aumento del precio de la carne, ante lo cual el Presidente ordenó una investigación. Días más tarde en un discurso Perón denunció que tenía a su alrededor traidores. Duarte fue hallado muerto y la versión oficial, aunque dudosa, fue suicidio.

La noticia fue explotada por la oposición y el 15 de abril la C.G.T. convocó a un acto de adhesión a su líder en Plaza de Mayo. Hubo muertos y heridos entre los concurrentes al explotar las bombas colocadas por sectores antiperonistas.

Los manifestantes en represalia incendiaron el Jockey Club, símbolo de la aristocracia porteña, y atentaron contra locales de partidos opositores.

Comenzó a crecer la violencia de ambos lados y se sumó una conflictiva relación con la Iglesia Católica.

Por último, la segunda Presidencia se vio privada de la vital presencia de Evita, quien falleció el 26 de julio de 1952 dejando un vacío que nadie podría reemplazar.

Los días siguientes a los comicios se realizaron una serie de homenajes en honor a Eva Perón, quien se encontraba convaleciente. El 1° de mayo de 1952 alcanzó a pronunciar su último y apasionado discurso desde el balcón de la Casa Rosada.

Acompañó a su esposo el 4 de junio en la ceremonia de juramento al cargo de Presidente de la Nación, fue su última aparición en público con vida.

El 26 de julio falleció, siendo aún muy joven, y el dolor popular no la abandonó en un velatorio que duró 14 días. Sus restos pasaron una noche en el Congreso Nacional y fueron luego depositados en la C.G.T. hasta la revolución de septiembre de 1955

Entre 1954 y 1955 se desplegó un fuerte enfrentamiento entre Perón y la Iglesia Católica, una tradicional institución en el país, que había sido aliada a su gobierno hasta entonces.

Ahora, sectores católicos propiciaban la creación de un Partido Demócrata Cristiano que represente sus ideales, a la manera de los que existían en Europa.

El conflicto se exacerbó cuando en mayo de 1955 un grupo de legisladores oficialistas presentaron un proyecto para convocar a una nueva Convención Constituyente que entre otras reformas realizaría la separación de la Iglesia y del Estado, el proyecto fue aprobado

con la oposición de la U.C.R.

Nuevas medidas tuvieron el mismo rumbo. Se estableció el divorcio vincular, se derogó la ley de enseñanza religiosa de 1946 y se les quitó el apoyo a los institutos privados de enseñanza católica.

El día 11 de junio se realizó la procesión de Corpus Christi en Buenos Aires, como era habitual, pero esa vez en 1955 adquirió el carácter de marcha de oposición al gobierno. Asistieron representantes de todo el abanico antiperonista, desde la U.C.R. hasta el Comunismo.

El gobierno culpó a los manifestantes de la "quema de la bandera", hecho que no fue clasificado.

Alentados por los sucesos, un sector rebelde de las Fuerzas Armadas bombardeó Plaza de Mayo; la respuesta de los adictos al gobierno fue el incendio de la Curia y de templos como el de San Ignacio, Santo Domingo y San Francisco (16 de junio de 1955).

Luego de los sucesos de junio Perón intentó una política de conciliación. Las radios fueron cedidas a los partidos políticos para que difundieran sus propuestas.

En agosto presentó su dimisión ante la C.G.T. y el partido. Frente a este hecho la central obrera movilizó a los trabajadores hacia Plaza de Mayo para solicitarle el retiro de su renuncia. Desde allí, él responde con un discurso que incita a retomar la ofensiva, rompiendo el clima de tregua política (31/08/1955).

En el mes de septiembre se puso en marcha un nuevo intento revolucionario, esta vez destinado a triunfar.

Tras la negativa para liderar la acción del General Pedro E. Aramburu, el General Eduardo Lonardi movilizó las fuerzas desde Córdoba. También Bahía Blanca fue un foco rebelde importante de la marina.

El 16 de septiembre refugio en la Embajada del Paraguay, salió rumbo al exilio y su primer destino fue aquel país.

El 23 de septiembre, el General Lonardi llegó a Buenos Aires para hacerse cargo del gobierno.