En las elecciones de 1898, el partido autonomista nacional impuso nuevamente la candidatura del general Julio A. Roca.

Propuesta y apoyada por Carlos Pellegrini, derrotó fácilmente a la fórmula opositora, que encabezaba Bartolomé Mitre.

Las manipulaciones e intrigas del roquismo lograron profundizar los desacuerdos existentes en la oposición.

Sin embargo, Roca no pudo evitar una resonante ruptura dentro de su propio partido.

En 1902, el desacuerdo por un proyecto de unificación de la deuda externa precipitó el enfrentamiento entre el "conquistador del Desierto" y su aliado y candidato "cantado" a la sucesión, Pellegrini, quien formó el Partido Autonomista.

Presionado por la oposición, pero también convencido de que era necesario introducir cambios en la relación entre el Estado y la sociedad, el general Roca desarrolló una activa política reformista.

Así, hizo aprobar leyes importantes, como la de Servicio Militar Obligatorio y una nueva ley electoral. También promovió una ley nacional del trabajo, que finalmente no fue aprobada.

De todos modos, la vocación reformista del roquismo tenía límites muy rígidos, establecidos Por la necesidad de mantener el control político y el poder de represión frente a los conflictos sociales.

El mantenimiento del "orden" era una premisa básica para el proyecto de Roca.

En el debate que se generó tanto en el Congreso como en la prensa, las acaloradas discusiones giraron en torno de las consecuencias más estructurales de un cambio como el que se proponía y que (no se les escapaba a los contemporáneos) tendría efectos transformadores profundos tanto sobre el Estado como sobre la sociedad.

Los principales argumentos usados en ese debate iluminan bien las expectativas y los temores que despertaba la ley. Aunque por entonces había cierto consenso en cuanto a la necesidad de modernizar las instituciones y de promover políticas activas para la integración social y cultural de la población, había divergencias profundas acerca de cómo hacerlo.

En cuanto a la modernización, el proyecto del Ejecutivo se inspiró en los modelos prusiano y francés, apartándose de las tradiciones locales y también de otros ejemplos posibles de organización militar, como los de Estados Unidos, Suiza y aun Inglaterra, que la oposición invocó en sus propuestas. Lo cierto es que, a través del nuevo sistema de reclutamiento, que creaba una base muy amplia y siempre renovada de soldados, y de otras medidas tendientes a la profesionalización y jerarquización de los oficiales, el tipo de modernización fortaleció al Ejército como institución, favoreció su estratificación y abonó su autonomía dentro del propio Estado y frente al poder civil.

En lo que se refiere a la integración social, el proyecto aspiraba decididamente a intervenir en ese plano. El propio ministro de Guerra y autor del proyecto, general Pablo Ricchieri, lo defendía sosteniendo que el servicio militar obligatorio se convertiría en "un poderoso instrumento de moralización pública". Este sistema iba a "acelerar la fusión de los diversos y múltiples elementos étnicos que están constituyendo a nuestro país en forma de inmigraciones".

Como la escuela pública, la conscripción estaba llamada a cumplir un papel disciplinador, moralizador y nacionalizador de la población que habitaba estas tierras. Debía normalizar esa heterogénea masa de jóvenes de diferentes orígenes sociales, culturales y étnicos para integrarlos a la "Argentina moderna".

A pesar de las advertencias de los opositores dentro y fuera del Congreso acerca de los peligros de dejar en manos de la institución militar la formación de los ciudadanos, una tarea que consideraban más propia de "el hogar y la escuela", la ley se aprobó y, a partir de ese momento, miles de conscriptos fueron año a año sometidos a la disciplina y el orden militares.

Durante su presidencia entró en vigencia la reforma constitucional que elevaba a ocho el número de Ministerios. Se incorporaron los de: Agricultura, Obras Públicas y Marina. El Departamento de Culto que dependía del Ministerio de Justicia fue anexado al de Relaciones Exteriores.

El Poder Ejecutivo presentó un proyecto al Congreso para consolidar la deuda externa. Debido a la variedad de empréstitos obtenidos en diversas condiciones, se pensaba renegociar la deuda por un plazo mayor y con menor interés. Un porcentaje de las rentas de aduana sería la garantía, cuya recaudación se aseguraría una inspección inglesa.

Al crecer la oposición al proyecto, Roca no dudo en retirarlo del Congreso y responsabilizó, para librarse de culpas, a Carlos Pellegrini quien había sido uno de los promotores de la idea (1901).

El aumento del comercio exterior produjo un crecimiento de las rentas fiscales, que en gran parte se destinaron a obras públicas:

• Extensión de vías férreas
• Construcción del Palacio del Congreso Nacional, inagurado en 1905
• Dragado del Río de la Plata
• Habilitación del puente transbordador sobre el Riachuelo

También se emprendieron obras en el área educativa. Se construyeron escuelas e institutos regionales de enseñanza. El Instituto Nacional del Profesorado y la Escuela Normal de Lenguas Vivas se crearon en esta presidencia.

En diciembre de 1901 se sancionó la ley de Servicio Militar obligatorio por iniciativa del Ministro de Guerra Pablo Ricchieri.

Durante el período de su presidencia existieron los siguientes problemas internacionales

La creciente movilización de trabajadores nucleados en la Federación Obrera Regional (FORA) de tendencia anarquista y lasocialista Unión General de Trabajadores (UGT).

En 1902 se concretó una huelga general que perjudicó especialmente la exportación por el puerto de Buenos Aires.

En ese mismo año, debido a que la mayoría de la dirigencia obrera era inmigrante, se sancionó la Ley de Residencia. Esta facultaba al Ejecutivo a expulsar del país a cualquier extranjero sospechoso de actuar contra la seguridad del Estado, basada en un proyecto de Miguel Cané de 1899.

Ante la extensión de los conflictos sociales era necesaria una ley de trabajo. El gobierno de Roca encomendó al médico y especialista laboral español Juan Bialet Massé un estudio sobre el estado de los trabajadores argentinos.

El informe fue realizado con la colaboración de otros profesionales y recomendaba legislar sobre: accidentes de trabajo, horario, enfermedad, el niño y la mujer, el sector rural.

El proyecto de la Ley nacional de trabajo fue presentado al Congreso en 1904 pero no fue aprobado.

En 1902 se realizó una reforma electoral que estableció padrones fijos, uso de libreta electoral y elección de candidatos por circunscripciones.

Esta ley permitió al Partido Socialista colocar su primer diputado, Alfredo L. Palacios, por la circunscripción de La Boca.

A pesar de estos cambios el oficialismo mantuvo el control de los comicios.

El 12 de octubre de 1903 en Buenos Aires se reunió una Convención de Notables para elegir el candidato a la Presidencia de la Nación. Los candidatos con más posibilidades eran: Carlos Pellegrini, Quintana y Felipe Yofré.

Carlos Pellegrini acusó públicamente a Roca de destruir al Partido Autonomista Nacional. La ruptura entre ambos, que se insinuó en la Segunda Presidencia de Roca, terminó por concretarse.

El cargo presidencial recayó en Manuel Quintana acompañado por José Figueroa Alcorta en la Vicepresidencia. Nuevamente Roca había triunfado.