En febrero de 1958 el gobierno convocó a elecciones generales. El conservadorismo se presentó dividido y la Unión Cívica Radical tomó la misma actitud.

La U.C.R. del Pueblo propuso el binomio Balbín - Del Castillo y obtuvo 2.416.408 y la U.C.R.I. postuló a Frondizi - Gómez que triunfó con 4.049.230 votos.

A juicio del Dr. Félix Luna los apoyos que aseguraron el éxito de Frondizi fueron heterogéneos: peronistas (aconsejados por Perón , quien había llegado a un acuerdo con el candidato), católicos y nacionalistas (simpatizantes con la postura antidivorcista y de libre enseñanza defendida por el radical) y sectores de izquierda (atraídos por sus ideas progresistas).

El 1º de mayo el general Pedro E. Aramburu entregó el mando al Presidente elegido por sufragio (el 23 de febrero), el Dr. Arturo Frondizi

El Doctor Arturo Frondizi recibió la Presidencia de la Nación el día 1º de mayo de 1958.

Durante su período de gobierno debía resolver el agresivo enfrentamiento entre peronistas y antiperonistas, enfrentar la presión de las Fuerzas Armadas y recuperar la economía del país; entre otras cuestiones no menos importantes.

Fueron aprobadas la Ley de Amnistía, la del Estatuto del Docente, la Ley de Asociaciones Profesionales, la de Nacionalización del Petróleo y la Ley de enseñanza libre.

La ley de enseñanza libre, propuesta por el gobierno, permitía el establecimiento de Universidades privadas, que en su mayoría serían católicas. Se enfrentaron la opinión de "enseñanza laica" (opuesta al proyecto de ley) contra la de "enseñanza libre" (sostenida por el gobierno y por sectores católicos), detrás de la confrontación había motivos de índole política. Finalmente la ley se aprobó.

Frondizi, cuyo triunfo electoral en 1958 en gran parte lo debió a los votos peronistas intentó adoptar una política conciliadora.

Intervino la CGT y fijó un plazo de 90 días para su normalización, levantó las prohibiciones e inhabilitaciones que pasaban sobre ex - funcionarios del gobierno peronista y se sancionó la Ley de Asociaciones Profesionales.

Hubo elecciones en los gremios y se intentó la unificación en un Congreso de la CGT. Allí dos sectores competían por el control: "Las 62 Organizaciones Peronistas" y "Los 32 Gremios democráticos"; pero con el tiempo la mayor parte de los Sindicatos fueron manejados por el Peronismo.

En 1961, la CGT, ya en manos de los trabajadores, continuó recurriendo a la violencia: sabotajes y huelgas.

El gobierno trató de ganarse a los dirigentes peronistas moderados, fundamentalmente en el interior del país.

Finalmente, durante la Presidencia de Guido se logró la normalización de la central obrera y se eligió Secretario al dirigente textil peronista José Alonso (enero de 1963).

La situación económica requería medidas urgentes, para lo cual Frondizi confió el Ministerio de Economía a Rogelio Frigerio. Ante la oposición de las Fuerzas Armadas, el Presidente tuvo que reemplazar al Ministro por Álvaro Alzogaray, quien contaba con el apoyo de aquella institución (1959).

Pero ya, el 30 de diciembre del 58, Frondizi había anunciado su "Plan de estabilidad y desarrollo" que consistía en la eliminación del dirigismo estatista en el mercado.

El control de cambio y los permisos de importación se suprimieron.

Desapareció el control de precios de venta de productos pecuarios y se terminó con los subsidios al consumo.

En los dos primeros meses de 1959 se registró una importante suba de precios que luego tendió a estabilizarse.

En julio de 1958 había anunciado su nueva política petrolera, tendiente a firmar convenios con empresas extranjeras para la extracción, con la dirección y contralor de Y.P.F.

Se levantaron duras críticas contra la tramitación de los contratos sin licitación previa y subrayándole a Frondizi su cambio de opinión con respecto a sus ideas anti - imperialistas, defendidas en su obra "Petróleo y Política" (1954).

El Poder Ejecutivo promovió una Ley para nacionalizar yacimientos de hidrocarburos.

En esta Presidencia se firmó un convenio con una de las concesionarias de electricidad de Buenos Aires y alrededores; más tarde, ya derrocado Frondizi, se crearía SEGBA (Servicios eléctricos del Gran Buenos Aires) de propiedad estatal.

El Desarrollismo, política propuesta desde el gobierno, concebía fundamental emprender obras de infraestructura que a largo plazo darían sus frutos: industrialización, autoabastecimiento de petróleo y energía.

En tres años de gestión la producción de petróleo y gas natural aumentó 150%. El país de importador pasó a ser exportador de petróleo.

La red vial creció en 10.000 Km. y la producción industrial aumentó un 10%.

La industria automotriz produjo, en 1961, 100.000 automóviles y camiones. En 1958 se fabricaron 10.000 tractores y tres años después 25.000.

En 1961 se inauguró el Alto Horno de San Nicolás, para la producción de acero, sobre el Paraná.

Se extendió a Buenos Aires el gasoducto Campo Durán - San Lorenzo.

El costo de vida y la inflación aumentaron. Se adoptaron medidas tendientes a restringir los gastos de Administración del Estado y se trató de poner freno al incremento salarial

En marzo de 1959 visitó el país el Presidente de Estados Unidos, Dwight Eisenhower. Ambos Estados emitieron la "Declaración de Bariloche", con la intención de promover un mejor nivel de vida para los países americanos.

En 1961, Frondizi viajó a Estados Unidos para lograr un compromiso de ayuda para el desarrollo de Latinoamérica. Con el mismo objetivo colaboró en la firma del Tratado de Montevideo que creó la A.L.A.L.C. (Asociación Latinoamericana de Libre Comercio) y apoyó la Alianza para el Progreso enunciada por el Presidente norteamericano, John Kennedy en marzo de 1961.

Realizó una gira al continente asiático para ampliar los mercados argentinos.

En 1959, se había producido en Cuba un movimiento guerrillero dirigido por Fidel Castro que derrotó a la dictadura de Batista, desde hacía décadas, allí establecida. El triunfo revolucionario, de carácter socialista, significó el enfrentamiento entre Cuba y EE.UU., en consecuencia Latinoamérica ingresó a la disputa de la guerra fría.

Frondizi, que colocó al país en un rol de defensor de los intereses latinoamericanos, buscó acercarse a ambos bandos.

Mantuvo, en Punta del Este, una entrevista con el Comandante Ernesto "CHE" Guevara, en esos tiempos Ministro de Industrias del régimen castrista. Ambos trataron la posibilidad que Argentina mediara en el conflicto americano.

En el país las Fuerzas Armadas, sectores de la Iglesia y conservadores desarrollaron un fuerte anticomunismo.

La política exterior de Frondizi fue objeto de críticas de una y otra ideología.

Finalmente, el Presidente decidió romper sus relaciones con La Habana

Durante su gestión, Frondizi sufrió continuos planteos militares.

En 1959 destituyó de su cargo de Jefe del Ejército, Carlos Severo Toranzo Montero, por sus acusaciones contra el gobierno. Pero debido a las presiones ejercidas por las Fuerzas Armadas tuvo que restablecerlo en el cargo.

Ante los reclamos de medidas más severas por parte del ejército, que le exigían reprimir la la llamada resistencia peronista, decretó el "Plan CONINTES" (Conmoción de Orden Interno) en 1960 Los acusados de terrorismo debían pasar a jurisdicción militar.

La situación hizo crisis a raíz de las elecciones para gobernadores de las provincias, en marzo de 1962.

El gobierno había autorizado la presentación del peronismo a elecciones, por medio de partidos locales, "neoperonistas".

En la provincia de Buenos Aires triunfó el sindicalista textil, Andrés Framini , bajo la denominación Unión Popular. También triunfó el peronismo en las provincias de: Río Negro, Chaco, Tucumán y Santiago del Estero.

La amenaza de las Fuerzas Armadas decidió a Frondizi a intervenir las cinco provincias, fue en vano.

El Presidente fue depuesto y detenido en la Isla de Martín García el 28 de marzo.