Aramburu comenzó el año 1970 de reunión en reunión con influyentes sectores empresariales, trabajaba sin descanso para desgastar políticamente a Onganía. Se había impuesto una fecha tentativa para dar el golpe definitivo contra el dictador al que llamaban "La Morsa". Sería el 10 de junio de 1970. Un emisario suyo, el coronel Carlos Salazar, se reunió con el jefe del Ejército, Alejandro Agustín Lanusse, para prevenirlo sobre "los peligros que enfrentaba la República y la necesidad imperiosa de derribar al presidente"
Pedro Eugenio Aramburu fue secuestrado el 29 de mayo de 1970 en la primera acción pública de los Montoneros. En cautiverio, fue acusado por su accionar durante el Golpe de Estado de 1955, los fusilamientos de José León Suárez de 1956 y la desaparición del cadáver embalsamado de Eva Perón. La organización Montoneros denominó las acusaciones "juicio popular", y dispuso su muerte.
Aramburu fue asesinado por Fernando Abal Medina de un tiro de pistola en el sótano de la estancia La Celma en la localidad de Timote (partido de Carlos Tejedor, provincia de Buenos Aires).
Sobre esta muerte se escribirían posteriormente variados y extensos textos, aprobando o criticando la decisión de la organización guerrillera. Los Montoneros publicaron un reportaje el 3 de setiembre de 1974 en su revista "La Causa Peronista" en el que Mario Firmenich y Norma Arrostito relatan la operación. Diversos periodistas y escritores emitieron también sus opiniones: "Aún cuando Aramburu hubiese sido responsable de numerosos crímenes, su muerte lo único que hace es añadir otro asesinato a la lista. No resuelve, ni anula, ni compensa nada. Es otro crimen".
Según el historiador Carlos Altamirano:
A comienzos de 1970 era un secreto a voces que Aramburu estaba a la búsqueda de un acuerdo con Perón para una salida electoral y, por supuesto, los Montoneros no lo ignoraban. "Actualmente Aramburu signica una carta del régimen", consignaba el primer comunicado de la agrupación armada, que denunciaba el propósito de engañar al pueblo en una falsa democracia. (...) Anular esa "carta del régimen" signicaba anular la posibilidad de que el peronismo fuera desviado de su destino revolucionario"
La sentencia que se dictó a raíz de la muerte de Aramburu condenó a varios de los autores por el delito de homicidio, pero las penas no llegaron a cumplirse pues fueron aministiados al llegar Héctor José Cámpora a la presidencia.
Pedro Eugenio Aramburu durante su cautiverio realizo un juicio popular, fue acusado por su accionar durante el Golpe de Estado de 1955, los fusilamientos de José León Suárez de 1956 y la desaparición del cadáver embalsamado de Eva Perón.
El 3 de setiembre de 1974 en la revista La causa peronista. El relato realizado por dos de sus principales protagonistas Mario Firmenich y Norma Arrostito cuentan cómo murió Aramburu esto constituye un documento histórico de singular importancia para el estudio de la violencia armada desatada en Argentina en la década del 70.