Entre los que ya han desaparecido se cuentan el venado, el guanaco y el jaguar o tigre americano. Las especies con escasos ejemplares son la corzuela y el conejo de los palos. Entre la familia de los felinos se encuentran gatos de las pajas, gatos monteses y pumas. Estos últimos son considerados perjudiciales porque atacan al ganado y a las majadas.

Animales perjudiciales o peligrosos

Algunos animales que habitan en San Luis son considerados plagas, Entre ellos se encuentran la comadreja overa y la vizcacha, cuya población es excesiva; arruinan sembrados y matan a otros animales y aves de corral.

En las planicies se encuentran gran cantidad de hurones, zorrinos, ratas, ratones, cuises, liebres, quirquinchos, víboras cascabel y de la cruz, culebras y lagartos grises Aunque se prohíbe la caza de zorros y felinos, está permitido apresar zorrinos comadrejas, vizcachas, boas de las vizcacheras e iguanas overas. La mara y el jabalí también son consideradas "especies aprovechables".

En el variado relieve puntano se pueden observar muchos ejemplares, como el ñandú la perdiz, la martineta o la garza. También hay cóndores, águilas y halcones, además de cigüenas, chajás, patos, gallinetas, teros, chorlos, loros, lechuzas, picaflores, martín pescador, horneros, golondrinas, jilgueros y cardenales.