Las especies exóticas como el Ciervo Colorado, el Ciervo Dama, el Jabalí y la Liebre, fueron introducidas desde Europa para "embellecer la empobrecida fauna" de nuestros ambientes y causan un serio impacto en los bosques que no están adaptados a estas especies. Este problema se controla, en cierta forma, implementando un sistema de cotos de caza, para Ciervos y Jabalíes, para los cuales se autoriza una extracción limitada. El Pudú se ve acechado por perros asilvestrados, debido a que la zona que habita este pequeño ciervo es frecuentada por pobladores que utilizan estos animales para el control del ganado. La introducción de la Trucha para la pesca causó un grave retroceso en las especies nativas como el puyen y el pejerrey patagónico por lo tanto se permite la pesca de la misma, con reglamentación, para la disminución del impacto que causa. La caza furtiva también está presente en este Parque y persigue especies como el Huemul y el Puma para transformarlos luego en trofeos.Debido a tener una ciudad dentro, en el P.N. Nahuel Huapi, los lagos sufren frecuentemente de los deshechos que la ciudad aporta, como los cloacales, por ejemplo  . La flora exótica también representa un problema de difícil solución. Numerosas especies vegetales fueron introducidas en la región por los primeros pobladores, en su mayoría originarios de Europa, para adornar sus jardines. De esta manera la Rosa Mosqueta, el Lupino, la Retama,  la Margarita y muchas otras, se aclimataron perfectamente y gracias a la falta de controles naturales, comenzaron a dispersarse ya sin ayuda del hombre. En poco tiempo colonizaron lugares soleados como los bordes y claros del bosque, las zonas deforestadas y sometidas al pastoreo del ganado, orillas de rutas y caminos, baldíos vecinos a las viviendas, etc. Los vegetales nativos que originariamente ocupaban esos ambientes fuero paulatinamente desplazados. Lamentablemente, la erradicación de las plantas exóticas se torna muy dificultosa. También la extracción maderera ilegal provoca graves impactos en los ambientes naturales. A esto debemos sumarle los incendios, que son en la actualidad uno de los problemas más graves. Estos son ocasionados generalmente de manera intencional y son un factor grave de deterioro cuyas secuelas son difíciles de reparar. La mayoría de las especies son de crecimiento muy lento y tardan en cubrir las laderas. La falta de vegetación favorece el arrastre del suelo por lluvias y viento, causando erosión. La educación  y la prevención son las armas más efectivas para que estas catástrofes no ocurran, así como una acción coordinada para combatir eficazmente los focos de incendio, antes que adquieran proporciones incontrolables.

YACIMIENTOS ARQUEOLÓGICOS/PALEONTOLÓGICOS: El Parque posee numerosos vestigios de las ocupaciones aborígenes, en la forma de petroglifos y pinturas rupestres. La mayoría de ellos no están habilitados para ser visitados por el turismo, ya sea por hallarse en zona intangibles, inaccesibles o para favorecer a su conservación.

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