El elevado número de visitantes que recibe el área, dada su proximidad con la populosa ciudad de Puerto Madryn exige un agotador trabajo de control y vigilancia por parte de los Guardafaunas. Por ejemplo, en época estival es frecuente que embarcaciones deportivas, provenientes de Madryn, se acerquen demasiado al apostadero de Lobos perturbándolos innecesariamente. La vecina Playa de Cerro Avanzado es muy visitada por pescadores y la población en general, molestando a veces a las aves marinas que allí se encuentran alimentándose o descansando. Los riquísimos yacimientos fosilíferos de Cerro Avanzado, a menudo sufren saqueos de visitantes desaprensivos e ignorantes del gran daño que están ocasionando. En cuanto al Lobo Marino en particular, por sus hábitos costeros, principalmente en su época reproductiva, es sumamente vulnerable al deterioro de su entorno por el accionar humano, como puede ser la contaminación de las aguas e inclusive el ruido y el tráfico de las embarcaciones a motor. Los Lobos Marinos se ven seriamente amenazadas por la creciente contaminación que está sufriendo el Golfo Nuevo  . Las ciudades de Puerto Pirámides y Puerto Madryn  , junto a la fábrica de Aluminio ALUAR, generan una gran cantidad de residuos sólidos  , líquidos y gaseosos que están afectando la calidad de las aguas del golfo. La falta de un tratamiento generalizado de los residuos significa a la larga, poner en peligro a numerosas especies animales, y con ello a la industria turística, principal sostén de la economía de la zona. Las fuentes de contaminación por petróleo, principalmente el vaciado en alta mar del lastre de las centinas de los buques, el lavado de los tanques contenedores con agua de mar y otras prácticas asociadas al transporte de este producto, representan una seria amenaza para los apostaderos de mamíferos marinos de toda la Península Valdés. Al igual que en otros sitios costeros de importancia vital para muchas especies, un derrame de gran magnitud los afectaría irreversiblemente. Toda la fauna marina se ven afectada por una industria pesquera activa y creciente. El principal riesgo es la modificación de la abundancia de las especies involucradas. Así como algunas pueden verse beneficiadas por los despojos arrojados al mar por los barcos, otras se verán perjudicadas por la escasez de los peces más explotados por los pesqueros. Las interacciones en juego son complejas y poco conocidas, pero se puede predecir que una presión desmedida de pesca, cambiará la abundancia y la diversidad de los animales marinos, teniendo efectos difícilmente predecibles.

YACIMIENTOS ARQUEOLÓGICOS/PALEONTOLÓGICOS: En toda la Reserva, pero especialmente en la base del Cerro Avanzado, se encuentran importantes yacimientos fosilíferos marinos , únicos en la zona por su gran riqueza y extensión. Si se observan con detenimiento las laderas de las elevaciones cercanas, los acantilados y las restingas  , podrán observarse una gran cantidad de fósiles de animales marinos como mejillones, ostras, vieiras, cangrejos, caracoles, etc. Estos yacimientos se encuentran bajo estudio en la actualidad, por lo que es importante no intentar extraer ni llevarse ningún resto fósil. Sobre los sectores altos, ubicados en la Estepa Patagónica, se encuentran numerosas evidencias de las poblaciones indígenas que habitaron la región. Los llamados "picaderos", donde se trabajaban las rocas para confeccionar puntas de flecha, raspadores, etc. se destacan por la gran cantidad de pequeños restos de roca, de bordes irregulares y agudos. Recuerde que no debe recoger ningún elemento en estos sitios de gran valor cultural. Su intervención estaría entorpeciendo el trabajo de los especialistas.

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