El 2 de mayo de 1860 la Legislatura de Buenos Aires eligió gobernador constitucional a Bartolomé Mitre. Este encomendó a Vélez Sarsfield trasladarse a Paraná para concluir el Pacto de San José de Flores. Allí se firmó el Convenio del 06 de junio de 1860 que disponía que Buenos Aires debía jurar la Constitución y enviar sus representantes al Congreso Nacional; la provincia mantendría su régimen político vigente hasta que se produjera la incorporación de los diputados y senadores porteños; Buenos Aires se comprometía a aportar al tesoro nacional un millón y medio de pesos.

Sin embargo los diputados porteños fueron rechazados por el gobierno nacional alegando que habían sido elegidos según la ley electoral bonaerense.

Buenos Aires y la Confederación se enfrentaron nuevamente.

La Convención Provincial se reunió el 5 de enero de 1860 para proponer las reformas constitucionales pertinentes.

La Convención Nacional se reunió en Santa Fe el 14 de noviembre de ese mismo año y aprobó las siguientes modificaciones del texto constitucional: se aceptó como nombres oficiales del país Provincias Unidas del Río de la Plata, Confederación Argentina y República Argentina, reservándose el nombre de Nación Argentina para encabezar las leyes; la capital de la República sería aquella que designara el Congreso Nacional previa cesión de la Legislatura local; las constituciones provinciales no serían sometidas a la consideración del Congreso Nacional; el Poder Ejecutivo sólo podría intervenir en las provincias para garantizar el régimen republicano o enfrentar invasiones; los derechos de exportación no serían considerados como rentas nacionales.

El 16 de noviembre de ese año estalló un movimiento en la provincia de San Juan encabezado por Antonino Aberastain que culminó con la muerte del gobernador José Virasoro.

Se vinculó a Sarmiento, ministro de Mitre (gobernador de Bs.As), con estos sucesos por lo que las relaciones entre Bs.As. y la Confederación volvieron a ser tensas.

El gobierno de Paraná designó al Coronel Juan Sáa (gobernador de San Luis) para intervenir en la provincia de San Juan.

Los amotinados se enfrentaron al interventor en la batalla de la Rinconada del Pocito (11/01/1861) que terminó con el triunfo de Sáa y el fusilamiento de Aberastain.

En esas circunstancias se efectuó en Buenos Aires la elección de los legisladores para representar a la provincia ante el Congreso Nacional, según lo establecía el Convenio del 06/06/1860.

Debido a que los diputados se eligieron de acuerdo con la ley electoral bonaerense, el Congreso de Paraná los rechazó. Derqui convocó a nuevas elecciones en la provincia de Bs.As. pero ésta no acató la disposición presidencial. 

El Congreso Nacional declaró este comportamiento como un acto de sedición y se preparó para un enfrentamiento armado designando a Urquiza jefe de las fuerzas nacionales.

El ejército de Bs.As. se puso a las órdenes de Bartolomé Mitre.

Los ejércitos de Buenos Aires, al mando de Mitre, y de la Confederación, a las órdenes de Urquiza, se enfrentaron en Pavón el 17 de septiembre de 1861. La victoria correspondió a Buenos Aires.

Como consecuencia del triunfo porteño en Pavón, Santiago Derqui renunció a la presidencia de la Nación; el vicepresidente Pedernera asumió el cargo y declaró acéfalo el Poder Ejecutivo Nacional; disueltos los poderes federales, el gobernador de Buenos Aires quedó de hecho erigido en Poder Nacional; Mitre proyectó su influencia sobre todo el país.

El entendimiento entre Urquiza y Mitre influyó en las demás provincias que delegaron en el triunfador de Pavón el ejercicio del Poder Ejecutivo y las relaciones exteriores hasta el momento en que se normalizara institucionalmente el país de acuerdo con las prescripciones constitucionales.