Mientras tanto, como se había pactado en San Nicolás, Urquiza era el jefe del gobierno provisional hasta la aprobación de la nueva Constitución. Desde Buenos Aires, Bartolomé Mitre rechazó la incorporación de esta ciudad a la federación; la cámara legislativa lo escuchó y no aceptó la nueva Constitución. Al renunciar López y Planes -gobernador de Buenos Aires-, Urquiza dio un golpe de Estado. La provincia fue recuperada por los porteños en la revolución de 1882; así se formó la Confederación Argentina -con capital en Paraná y con Urquiza como Presidente- por un lado, y el Estado de Buenos Aires -que no proclamaba su independencia ni se unía a la Confederación- por otro. Esta situación ambigua de Buenos Aires se prolongó durante diez años.

En 1858 se produjo la batalla de Cepeda, en la que Urquiza venció. A pesar de ello, no quiso entrar en la ciudad y pidió que se restituyera al Gobernador, que era ultra porteñista, para llegar al Acuerdo de San José de Flores, por el que Buenos Aires se comprometía a formar parte de la Confederación. El problema de la capital suscitó nuevos conflictos: Buenos Aires no deseaba entregar la ciudad para su federalización y en 1861 se produjo la batalla de Pavón, entre Buenos Aires y la Confederación, en la que no hubo un vencedor definido. Urquiza retrocedió hasta Entre Ríos y Mitre -al mando del ejército de Buenos Aires- y cruzó hasta el Rosario. En 1862 se realizaron las elecciones y Mitre fue elegido presidente de la nación; durante este tiempo se declaró que Buenos Aires sería la ciudad huésped del gobierno nacional, sólo de forma provisional.

En 1866, el litigio entre Paraguay y Uruguay hizo que el primero entrara en territorio argentino; así se produjo la sangrienta guerra de la Triple Alianza (Brasil, Argentina y Uruguay). Entre 1866 y 1870, los ejércitos de los tres países invadieron Paraguay y mataron a las tres cuartas partes de la población paraguaya (90% de la población masculina).

Entre 1862 y 1880 se sucedieron los gobiernos de Mitre, Sarmiento y Avellaneda, gobiernos que pusieron los cimientos para la construcción de la Argentina moderna; durante los mismos, las actuaciones prioritarias se centraron en la educación, la inmigración y la libertad económica, aunque no se deben olvidar otros hechos que disminuyeron el prestigio de estos gobiernos, tales como la campaña del Desierto (1879-1880).

El país, aunque con algunos conflictos, estaba pacificado y organizado institucionalmente. Durante el gobierno de Avellaneda se decidió incorporar el norte de la Patagonia al país, empresa llevada a cabo por un ejército al mando de Julio Argentino Roca; los malones indígenas eran una amenaza en la frontera. Hoy se sabe que hubiera sido mejor una alianza con los indígenas que, seguramente, hubieran aceptado integrarse al país, pero se eligió el argumento de las armas. Durante este gobierno Buenos Aires fue proclamada la capital federal (luego el distrito se extendió hasta lo que es en la actualidad). Dardo Rocha (gobernador de la provincia de Buenos Aires) fundó la ciudad de La Plata, que se convirtió en la capital de la citada provincia.

Al regresar victorioso, Roca fue elegido presidente en 1880. A partir de este momento Argentina logró un gran progreso económico, institucional y educacional; se integró al comercio mundial, convirtiéndose en una de las principales naciones exportadoras de materia prima del mundo. Entre 1880 y 1882 no faltaron problemas limítrofes con Chile y con otros países, si bien se llegó a un acuerdo con Chile donde se establecieron como límites "las más altas cumbres divisorias de aguas".

A pesar de los adelantos de Argentina, la clase media y los grupos populares habían quedado postergados; además, al no haber sufragio universal, las elecciones eran un fraude, pues quien gobernaba el país era un sector elitista. En 1912, Roque Sáenz Peña promulgó una ley por la cual el voto debería ser secreto y obligatorio para la población masculina. En 1916, dentro del marco de la nueva ley, se eligió a Hipólito Yrigoyen -político perteneciente a la Unión Cívica Radical- presidente del gobierno, donde se mantuvo hasta 1930.

Durante los gobiernos de Marcelo Torcuato de Alvear e Yrigoyen, Argentina se vio beneficiada por la actitud neutral que el país mantuvo durante la Primer Guerra Mundial, por lo que se convirtió en una de las naciones más ricas del mundo.

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