Nació y murió en Matará, Santiago del Estero. 
Caudillo liberal de Santiago del Estero y figura política nacional de las décadas de 1850 y 1860. En 1851 se inició en la carrera pública al encabezar el movimiento que destituyó al gobierno de Mauro Carranza. Mientras que éste huía hacia Tucumán en busca de la ayuda del gobernador federal, el general Celedonio Gutiérrez, Manuel Taboada hizo que Santiago del Estero respaldara el movimiento de Urquiza para sacar a Rosas del poder. Fue nombrado gobernador y participó del Acuerdo de San Nicolás. 
Durante las décadas de 1850 y 1860 lo eligieron gobernador en varias ocasiones y, cuando no ocupaba este cargo, fue un activo líder político y funcionario de gobierno mientras que su primo Absalón Ibarra o su hermano Antonio se desempeñaban como gobernadores. En el difícil período de transición de 1859 a 1861, los Taboada, siempre amigos de Bartolomé Mitre, se dedicaron a patrocinar la propuesta de unión nacional hecha por Mitre. En 1860 Manuel derrotó al gobernador Pedro Ramón Alcorta, que ya había sido destituido por la Legislatura.

Cuando las tropas de Derqui intentaron reemplazar a Alcorta, fueron vencidas. En 1861 los Taboada hicieron que Santiago del Estero se separara de la Confederación y se uniera a Mitre. En 1862 Mitre obtuvo con un triunfo fácil la presidencia de la nación. Manuel Taboada fue propuesto como vicepresidente pero ganó Marcos Paz. Ese año fue elegido gobernador constitucional de su provincia. Durante la década de 1860, Taboada peleó con frecuencia en contra de invasores de Provincias vecinas. Aunque la mayor parte de la acción militar recayó sobre el hermano Antonino. 
Manuel se dedicó a la reforma y al desarrollo progresista de la provincia. Puso empeño en la construcción de canales de irrigación que incorporaron nuevas tierras a la agricultura. Reformó los métodos de agrimensura y los sistemas impositivos, reorganizó la administración y la estructura financiera de la provincia, mejoró las condiciones de trabajo tanto en el área privada como en la pública. Construyó fuertes en la zona desértica. Antonino y Manuel fueron candidatos a la presidencia en 1868 pero Sarmiento resultó electo. Éste debió hacer frente a una rebelión en contra de la autoridad nacional encabezada Por Ricardo López Jordán en Entre Ríos y temió que una acción similar fuera emprendida por los Taboada en Santiago del Estero. Aunque Taboada apoyaba a los liberales, Sarmiento siempre sospechó que él había perpetuado el bárbaro caudillaje que el presidente tanto deseaba eliminar de la Argentina, sin embargo, procediendo con extreme cautela, Sarmiento sólo envió a un observador del gobierno a Santiago del Estero. El gobernador Manuel Taboada lo consideró como una afrenta a su autoridad. Le escribió al presidente una carta bastante arrogante en la que se quejaba de la medida adoptada y envió copias de la carta a Urquiza y a otros líderes antes de que el original llegara a manos de Sarmiento. Este le contestó con acusaciones en contra de la tiranía Ibarra-Taboada, vigente después de tantos años, y le preguntó si estaba intentando transformar a la provincia en una pequeña Paraguay. Sin embargo, los dos líderes evitaron cualquier enfrentamiento.
Iniciado una política de moderación en la provincia y fue el último de los hombres poderosos en la vida política de Santiago del Estero.