El principal problema actual es la afluencia masiva de turistas y visitantes. La gran cantidad de personas que acuden durante los fines de semana largos provocan pisoteo de la vegetación  y acumulación de residuos  . La falta de cartelería y de senderos bien demarcados permite que el visitante se desplaze por cualquier sitio sin control  . Los campamentos  que también allí se organizan provocan no menos perjuicios al ambiente de la zona. El intenso pisoteo y la extracción de leña exponen al suelo a una mayor erosión  . Sobre la zona de Lagunas de Guanacache actúan cazadores furtivos en busca de Ñandúes y Guanacos.

YACIMIENTOS ARQUEOLÓGICOS/PALEONTOLÓGICOS: Como testimonio de un antiguo poblamiento indígena existen vecinos al área de acceso pozos cavados en la tierra, llamados "hornillos", que se atribuyen a la cultura Huarpe. Se han hallado restos fósiles de dos especies de un particular grupo de reptiles voladores prehistóricos: los Pterosaurios. De este tipo de reptiles se conocen muy pocos restos en el resto del mundo, por lo que el Parque adquiere gran relevancia paleontológica.

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