Una vez constituída la Junta surgieron dos facciones lideradas por Mariano Moreno y Cornelio Saavedra respectivamente. El antagonismo residía en la forma de resolver los problemas de gobierno. Los saavedristas no compartían las nuevas teorías liberales y contaban con la adhesión de las tropas y la gente del interior. Los morenistas eran partidarios de las ideas de la ilustración, querían establecer un gobierno democrático y republicano. No contaban con el apoyo de las provincias y demostraron un acentuado porteñismo. Su política revolucionario se plasmó en el proyecto que Mariano Moreno presentó a consideración de la Junta y que trascendió como Plan Revolucionario de Operaciones.

Un episodio aumentó la desconfianza entre ambos bandos: durante un banquete en el cuartel de los Patricios donde se festejaba la victoria de Suipacha, un oficial elogió en forma exagerada a Saavedra e incluso lo llamó emperador.

Enterado, Moreno redactó el Decreto de Supresión de Honores que disponía la igualdad de todos los miembros de la junta y donde Moreno escribió su célebre frase: "Ningún ciudadano, ni ebrio, ni dormido, debe tener impresiones contra la libertad de su país".

El enfrentamiento se agudizó con la llegada a Buenos Aires de los diputados electos por los Cabildos del Interior. Los saavedristas querían incorporar los diputados a la Junta en carácter de vocales. Esta opinión era compartida por el Deán Gregorio Funes representante de Córdoba. Los morenistas, en cambio, eran partidarios de que los diputados formaran un cuerpo separado encargado de dictar una Constitución.

La disputa culminó con el alejamiento de Moreno al frente de una misión diplomática.