Nació y se educó en Corrientes; figura militar; tuvo parte activa en las guerras civiles; fue dirigente político en la provincia de Corrientes y más tarde en Buenos Aires, a temprana edad se vio inmiscuido en las guerras civiles.
En 1839 se unió al unitario Juan Lavalle; después de la muerte de éste, Madariaga regresó a Corrientes, donde gozó de gran prestigio; comandó el movimiento que derrocó al gobierno de Cabral e hizo investir a su hermano, Joaquín Madariaga, en el cargo de gobernador en 1843. 
Luego de liberar a Corrientes de sus enemigos, invadió Entre Ríos y entabló una sangrienta pero indecisa batalla en Puntas del Palmar; cuando Urquiza regresó de su campaña contra Rivera en Urugnay y se volvió contra las fuerzas aliadas de Corrientes entonces bajo el mando del general Paz, Madariaga al mando de la vanguardia de estas últimas, fue tomado por sorpresa, derrotado y capturado. 
Durante su estancia en Entre Ríos en calidad de prisionero, Urquiza lo utilizó para establecer la paz con su hermano Joaquín Madariaga gobernador de Corrientes, lo cual condujo a la firma del controvertido aunque significativo tratado de Alcaraz, luego de lo cual Juan Madariaga regresó a Corrientes.
El rechazo del tratado por parte de Rosas, las órdenes impartidas a Urquiza para invadir Corrientes a efectos de tenerla más estrechamente bajo el control de Buenos Aires, entrañó una nueva lucha en la que Urquiza salió victorioso y destruyendo el poder político de los hermanos Madariaga en Corrientes.
Juan luchó, empero, en la campaña del Ejército Grande de Urquiza en 1851 y contra Rosas en Caseros; más tarde unió sus fuerzas con Buenos Aires; participó en la revolución del 11 de septiembre de 1852 en la cual Buenos Aires rompió formalmente con Urquiza y las otras provincias; comandó una de las fuerzas de Buenos Aires contra Entre Ríos en noviembre pero fue obligado a retroceder por Urquiza. 
Llegó a ser miembro de la legislatura de Buenos Aires y ocupó después otros cargos públicos; murió repentinamente en 1879 en la ciudad de San Justo, mientras se hallaba temporariamente alejado de su hogar en Buenos Aires.

Hacé click aquí para imprimir la biografía