Gobernador de Corrientes, con su hermano Juan controló este territorio a mediados de la década de 1840 y procuró tomar el liderazgo contra el estilo de federalismo de Rosas. 
Nacido en Corrientes y educado allí y en Buenos Aires; vuelto a su provincia natal para dedicarse a los negocios concernientes a su patrimonio rural, Madariaga se halló crecientemente envuelto en política; se unió a su hermano Juan en el derrocamiento del gobierno de Cabral y llegó a ser gobernador de Corrientes en 1843. 
Madariaga, calificado por los modernos historiadores argentinos como uno de los federales "auténticos'', es decir, de los que insistían en la autonomía de las provincias bajo un gobierno nacional y constitucional, con una mejor y más ecuánime política económica para todas las provincias, comenzó a luchar contra Rosas invadiendo Entre Ríos, entonces bajo Justo José de Urquiza, uno de los generales de Rosas, como gobernador.

Mientras Urquiza estaba ocupado en el Uruguay por su campaña contra Rivera, Madariaga formó una alianza con Paraguay y los hermanos se prepararon para invadir Entre Ríos; la derrota y la posterior captura de Juan Madariaga por Urquiza condujeron al tratado de Alcaraz, firmado por Joaquín Madariaga y Urquiza, reincorporando Corrientes a la Confederación; Rosas que no había sido consultado rechazó violentamente el tratado y ordenó a Urquiza invadir Corrientes; Urquiza demoró la ejecución de la orden en la esperanza de que un nuevo tratado pudiera contar con la aprobación de Rosas, pero la situación empeoró; con la paz aparentemente imposible de lograr, Urquiza se volvió contra su ex aliado el 27 de noviembre de 1847 derrotando las fuerzas de Corrientes y colocando a Benjamín Virasoro en el sitial de gobernador. 
Madariaga huyó al Brasil donde falleció poco después; el 6 de mayo de 1927 sus restos fueron repatriados e inhumados en la catedral de Corrientes, al lado de los de Berón de Astrada.