Se distinguen cuatro áreas bien demarcadas.

• La meseta
• La costa
• La cordillera
• El sur del río Santa Cruz

La Meseta  central ocupa tres cuartas partes del territorio. su relieve tiene las características de la meseta patagónica: escalonada desde la cordillera.

Alcanza, en las cercanías de la Cordillera, de 1.000 a 1.500 m y más sobre el nivel del mar; y en algunos casos llega al Atlántico con alturas considerables: 600 a 750 m de altitud en el golfo de San Jorge. 

Es más baja hacia el sur (entre 350 y 100 m traspuesta la desembocadura del río Santa Cruz), y hacia el norte, en donde se atenúa a partir del paralelo 45° Sur. El suelo es arenoso y pedregoso.

En la Meseta, los mayores bajos patagónicos, de origen eólico, se ubican cerca del litoral atlántico en la bahia de San Julián, frente al puerto homónimo, a decenas de metros bajo el nivel del mar.

La costa posee una longitud de 1.000 kilómetros. comienza en el golfo san Jorge, que comparte con la provincia de Chubut, y termina en el cabo de Hornos .Entre estos dos hay numerosos accidentes geográficos: golfos, bahías, das. Por ser una continuación de las mesetas centrales, la costa tiene forma de acantilados. Es la relación de la Meseta con el mar la que condiciona su aspecto. Posee un relieve no tan monótono como el de la Provincia de Buenos Aires. Las costas bajas y parcialmente anegadizas.

La cordillera de los Andes disminuye de altura hacia el sur. Las cumbres más elevadas son el monte Fitz-Roy (3.405 m), el San Lorenzo (3.706 m) y el Agassiz (3.180 m). Paralela a la cordillera se extiende la precordillera o cadena de Los Baguales, que se prolonga al sur con los nombres de sierra chica y meseta Latorre. Hay una gran cantidad de lagos de origen glaciario que cortan la cordillera transversalmente. Son estrechos, largos y profundos uno de los más importantes es el Lago Argentino.

La Cordillera su presencia y fisonomía constituyen un rasgo de la Patagonia, con su tramo sur llamado Andes Patagónicos o Cordillera Austral. Esta sección de los Andes comienza en el paralelo 39°S, algo más al sur del límite norte de la Patagonia. Presenta una altura inferior en promedio a la sección más al norte, con cumbres entre los 2.000 y 2.500 m sobre el nivel del mar y pocas por encima de los 3.000 m. A diferencia de aquélla, aparece excavada por valles en forma de U y grandes cuencas, producto de la acción glacial, ocupados en muchos casos por lagos, algunos inmensos y que penetran en la Meseta. Este hecho se correlaciona con la existencia de numerosos boquetes transversales y el descenso en la altura de los pasos andinos.

Las provincias patagónicas son hijas de los ríos que les dieron su nombre (epónimos); así «del Neuquén», «del Chubut», «de río Negro» y «de Santa Cruz.Los Ríos Patagónicos son tributarios del Atlántico y en menor grado drenan a la cuenca del Pacífico o a otras interiores (endorreicas). Nacen en la margen oriental de la Cordillera, como resultado de la reunión de muchos cursos menores, que van haciéndose más raros hacia el este, hasta su conversión en ríos alóctonos, es decir que atraviesan la Meseta sin afluentes.Río Deseado, en el norte de la provincia de Santa Cruz, con una cuenca de más de 14.000 km2, originado en precipitaciones regionales y casi seco, presenta hoy un interés histórico, desde que en tiempos geológicos anteriores drenó las aguas del gran lago Buenos Aires, hoy tributario del Pacífico.

Río Santa Cruz, en la Patagonia meridional. El enorme lago Argentino, célebre por sus glaciares, al que llegan además las aguas del lago Viedma, da origen al muy importante río Santa Cruz, que drena una cuenca de 24.000 kmz y tiene un desarrollo de casi 900 km; apenas antes de desembocar en el Atlántico recibe las aguas del río Chico de Santa Cruz, emisario de una cuenca mucho menor. El río Santa Cruz, por su caudal medio de alrededor de 700 m3 y el desnivel de casi 200 m entre sus nacientes y desembocaduras, posee alto potencial para generar energía.

El sur del río santa cruz corresponde a la zona húmeda austral, de fríos intensos. como la altura de la cordillera desciende, deja pasar el aire húmedo del Pacifico y se produce un promedio de 200 mm de lluvias anuales. Los ríos pertenecen a tres vertientes: del Atlántico, del Pacífico e interna. Los principales son el santa Cruz, el Gallegos, el Coyle y el Deseado.