Esta región ha sufrido cambios por la acción del hombre. Los animales eran escasos. Los más comunes eran el venado , el zorrino, el ñandú, el peludo, la mulita, el zorro pampeano, la vizcacha, el puma y el gato de los pajonales. Entre las aves destacaban las carniceras, como el chimango y el carancho>, además del tero, el chajá y el loro. 

El cronista P. Campbell Scarlett, que pasó por esta región en 1838, entrega una idea de ella en su  libro Viajes por América a través de las Pampas los Andes desde Buenos Aires al Istmo de Panamá: ..Pasamos un corral con una cantidad de loritos chillones encaramados en los palos que los encierran, mientras galopábamos en una gran parte de esta llanura. Esta mañana vimos levantar del pasto alto a gran cantidad de avestruces salvajes, que cruzaban nuestra senda con las alas extendidas. También algunos venados salta ron muy cerca de nosotros, son de tamaño moderado y de un color oscuro ......

Además de la fauna mencionada para la llanura, a orillas de los ríos, especialmente sobre el Paraná existía allí una gran variedad de reptiles, como la temible serpiente yarará, junto a lagartos, batracios y muchas aves. Entre estas últimas se contaban las perdices, el chorlo, la lechuza, el búho, el colibrí, el hornero, el benteveo y el tordo.

Al llegar los primeros europeos a la llanura pampeana, a mediados del siglo XVI, comenzaron los grandes cambios. Trajeron caballos y vacunos que se hicieron cimarrones y empezaron a poblar la llanura. La abundancia de alimento y la ausencia de grandes carniceros favorecieron su rápido desarrollo, compitiendo con especies autóctonas como el venado y el ñandú.

La caza para obtener cuero y sebo, las guerras civiles de la primera parte del siglo XIX y los malones de los indígenas hicieron que el ganado cimarrón comenzara a desaparecer. Fue reemplazado por otras razas bovinas y caballares, más apropiadas a las nuevas actividades agrícolas y ganaderas, a partir de 1870 cuando comenzó a llegar el aluvión inmigratorio.

Los cultivos y la ganadería no sólo diezmaron el ganado cimarrón, sino también a venados, ñandúes y casi toda la fauna terrestre. Del mismo modo, la mayor parte de la flora y fauna a orillas del río Paraná se extinguió debido a la instalación de infraestructura portuaria y de servicios. Lo que se mantiene hasta hoy es parte de la avifauna que habita en los nuevos montes, plantados como pantalla de vientos para proteger el ganado y los cultivos.

La fauna ictícola de Santa Fe está compuesta por más de 200 especies, entre las que se destacan diversas clases de peces: armado, surubí, patí, dorado, sardina, sábalo, manduví, anamengüí, boga, pacú y dientudo