Sus aspectos distintivos son la franja occidental, que corresponde a la zona de la cordillera de los Andes, y una región de mesetas que baja hacia el mar y termina en las costas recortadas típicas de toda la Patagonia.

La zona andina comprende valles transversales, propios de los Andes patagónico-fueguinos, y valles longitudinales al norte, que corresponden a las últimas cadenas de los Andes centrales.
Contrastan en la zona de las mesetas patagónicas las mesetas basálticas altas, como la de Somuncurá, al sur de la provincia, y las mesetas bajas escalonadas que descienden progresivamente en altura, hasta su contacto con el mar. La costa abarca el golfo de san Matías que constituye un importante accidente costero.

Las mesetas de la provincia de Río Negro están surcadas por los grandes ríos que nacen en la cordillera y desembocan en el mar. Estos cursos de agua, cuya dirección es noroeste-sudeste, son el río Colorado y el Río Negro.

Este último, resultante de la unión de los ríos Limay y Neuquén, atraviesa el árido territorio patagónico excavando un ancho valle, que constituye un "oasis" fluvial de suelos profundos y ricos.