Por estar ubicada cerca del trópico de Capricornio, la provincia de misiones experimenta veranos muy calurosos y húmedos, inviernos templados y abundantes precipitaciones. Este tipo de clima se llama subtropical, y en esta provincia no hay estación seca. Durante la época estival, en toda la provincia la temperatura sobrepasa los 30º C al mediodía, y en invierno alcanza los 16º C, como no hay heladas, la vegetación, siempre verde, no sufre su rigor. Las lluvias son constantes y regulares durante todo el ano. La región ubicada en las márgenes del río Uruguay es, después de la de los Andes Patagónicos la más lluviosa del país. Llueven 1.800 mm por año, en temporadas normales, y se sufren copiosas inundaciones estacionales. Los vientos soplan con frecuencia del noreste, este y sudeste, La temperatura puede descender ocasionalmente al llegar el viento pampero, más frío.