Como ocurre con el clima y el relieve, en Jujuy se encuentran casi todas las zonas biogeográficas que hay en salta, excepto la vegetación de monte.

La vegetación de altas montañas tiene gran desarrollo en el noroeste de la provincia. También hay vegetación de este tipo en las alturas superiores a los 4.500 metros en la sierra de Santa Victoria, al este. son típicos los pastos duros y los arbustos rastreros como la yareta, la yaretilla y la poposa..

La vegetación de la puna Jujeña se caracteriza por la presencia de arbustos pequeños, resistentes al calor del día y el frío de la noche. El más conocido de estos arbustos es la tola, que forma extensos tolares.

La vegetación existente en la llamada prepuna es exclusiva de la quebrada de Humahuaca, Los elementos más comunes de la flora son los cardones, cactus de gran tamaño con brazos espinosos que se elevan al cielo.

En las laderas orientales de las sierras subandinas crece la selva de las Yungas, con diversos tipos de árboles que son los mismos que crecen en salta. se las llama selvas nubladas porque en verano las nubes quedan retenidas en los cerros y producen lluvias sobre las laderas.

En las zonas llanas de lujuy crecen bosques de quebracho colorado, similares a los saltenos y a los del chaco occidental. Previo desmonte, muchas de las tierras de esta área son aprovechadas para cultivo.