Los elementos de la fauna santiagueña corresponden a un grupo muy amplio, que se extiende desde Paraguay y sur de Brasil hasta las llanuras pampeanas.

Los primates están representados por tres especies: el mono aullador o carayá, el caí y el miriquiná.

Los felinos característicos del lugar son los llamados ocelote, eyrá o gato morisco, gato pintado, gato montés, y los más grandes: yaguareté y puma.

Otros carnívoros son el mayuato, coatí, hurón, zorrino, lobito de río y el zorro colorado.

Los roedores son muy numerosos y variados. Uno de los más típicos es el carpincho; también hay agutíes, cuises, quiyás, tapetíes, lauchas y ratones de campo.

Abundan además en la región, el tatú carreta, en retroceso numérico, mulitas y quirquinchos. En el sector oriental existen también osos hormigueros.

Entre los ungulados se pueden citar las corzuelas, venados, chanchos de monte o taitetú, y los pecaríes.

Existen más de 300 especies de aves, entre ellas las garzas blancas, flamencos, patos, teros, cigüeñas, cuervos, caranchos, halcones, águilas, gavilanes, cotorras, palomas, boyeros, cardenales, tordos, tijerillas, horneros, kakuy y perdices.

En la provincia hay 36 especies de reptiles, como la boa, la falsa coral, la víbora verde arborícola, y ofidios venenosos como yarará, cascabel y coral.