Los mayores problemas del Parque los originan las especies exóticas que han sido introducidas por el hombre, mucho antes de la creación del área protegida. Entre los animales exóticos se destaca el jabalí. En el Parque Nacional El Palmar esta especie a prosperado destruyendo nidos y crías de animales silvestres, como así también renovales de distintas especies nativas como el yatay, ya que busca sus raíces para alimentarse. Entre la flora exótica encontramos al Paraíso. Este árbol, originario de Asia, fue muy utilizado en el siglo pasado para formar arboledas en las viviendas rurales. Escapándose del cultivo, se ha diseminado notablemente en toda la región y especialmente en el área, desplazando a especies vegetales nativas. El control de esta especie se torna difícil debido a que es de muy fácil dispersión. Las aves silvestres comen su fruto y diseminan sus semillas por todo el Parque. En la actualidad existen planes de manejo que intentan solucionar esta problemática, a través de acciones que controlen el número y área ocupada por estas especies exóticas.

Yacimientos históricos

En el Parque se encuentran numerosas evidencias de la ocupación humana en tiempos del Virreinato. Las construcciones más antiguas datan del año 1780 donde el primer dueño de las tierras que hoy forman el Parque El Palmar, comisionado del Virrey Ceballos, Don Juan Barquín, mandó a construir instalaciones para obtener cal. Esta calera fue una de las primeras en funcionar en el Virreinato, lo cual posibilitó que en Buenos Aires se construyan los primeros edificios de más de un piso. También pueden hoy verse los hornos donde la piedra caliza se transformaba en cal, la cual se cargaba en las embarcaciones por intermedio de túneles que aún existen. Dentro de uno de los hornos, los lugareños colocaron una imagen de la Virgen de Santa Filomena, la cual se puede visitar guiándose por la cartelería. Luego de los años 40 se instaló la empresa Salvia Hnos. la cual aprovechó parte de la infraestructura de la antigua calera de Barquín, dedicándose a la explotación de canto rodado. El proceso consistía en el lavado de las piedras, para la separación de la arena, que se iba acumulando al costado de las construcciones, sobre el Uruguay. Por ello, en la actualidad se encuentra la amplia playa a la derecha de las ruinas.